More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2250 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
305 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.1 
 
 
305 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.1 
 
 
305 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  86.23 
 
 
305 aa  554  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.38 
 
 
304 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.93 
 
 
300 aa  374  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.08 
 
 
326 aa  364  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
302 aa  345  7e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
303 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
303 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
306 aa  335  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.77 
 
 
307 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 
301 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.76 
 
 
310 aa  309  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
300 aa  305  6e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.05 
 
 
302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.49 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.68 
 
 
296 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
298 aa  265  8.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.67 
 
 
304 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
710 aa  260  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
294 aa  255  7e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
287 aa  254  8e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
303 aa  255  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
288 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
287 aa  248  7e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
287 aa  248  7e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
303 aa  248  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
306 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.26 
 
 
913 aa  246  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
299 aa  246  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  45.18 
 
 
303 aa  242  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  46.98 
 
 
303 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.4 
 
 
286 aa  241  7.999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.05 
 
 
303 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  46.18 
 
 
901 aa  237  2e-61  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.74 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.45 
 
 
306 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
298 aa  232  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  44.98 
 
 
903 aa  228  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  47.65 
 
 
292 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
305 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  43.11 
 
 
893 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
315 aa  210  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
313 aa  199  6e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
313 aa  196  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
306 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
306 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
306 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  43.55 
 
 
304 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
317 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
304 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
309 aa  188  1e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
308 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
312 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  39.27 
 
 
305 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  41.89 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
317 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
312 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
303 aa  178  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.55 
 
 
305 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
306 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
301 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
324 aa  176  6e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
301 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
301 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
307 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00693631  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.62 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
330 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  43.4 
 
 
301 aa  172  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
301 aa  170  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
301 aa  170  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 
293 aa  169  6e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
311 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
303 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.2 
 
 
307 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1367  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.67 
 
 
298 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.145804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
301 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.23 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.15 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 
252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
306 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
305 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
351 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
301 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
291 aa  161  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
300 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>