More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2225 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
304 aa  616  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 
305 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
303 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.5 
 
 
306 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  51.99 
 
 
304 aa  295  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
304 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
304 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
304 aa  292  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.7 
 
 
334 aa  292  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.33 
 
 
304 aa  291  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
301 aa  287  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  48.84 
 
 
305 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.17 
 
 
305 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
305 aa  287  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.5 
 
 
301 aa  285  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.4 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
305 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
305 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  51.61 
 
 
350 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.64 
 
 
304 aa  275  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.39 
 
 
303 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.64 
 
 
301 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.19 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  45.83 
 
 
286 aa  224  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.07 
 
 
288 aa  223  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
287 aa  222  6e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
287 aa  222  6e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.44 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
306 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
303 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
305 aa  202  5e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
299 aa  202  8e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
710 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  44.98 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  44.58 
 
 
303 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  44.98 
 
 
306 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
913 aa  196  6e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
303 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
300 aa  183  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.25 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
315 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
313 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  48.02 
 
 
903 aa  179  7e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.51 
 
 
302 aa  178  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.04 
 
 
301 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  43.56 
 
 
301 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  41.76 
 
 
893 aa  177  3e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
303 aa  177  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  44.06 
 
 
301 aa  176  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
303 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  43.56 
 
 
301 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  43.56 
 
 
301 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
309 aa  176  5e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
300 aa  176  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  42.34 
 
 
901 aa  174  1.9999999999999998e-42  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  39.43 
 
 
292 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  43.68 
 
 
304 aa  171  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.55 
 
 
326 aa  170  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  41.76 
 
 
301 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
301 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
307 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
313 aa  166  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
305 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
301 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
305 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
317 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.54 
 
 
300 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  46.46 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.75 
 
 
332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323003  normal  0.316172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
324 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
324 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
324 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
311 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
310 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
306 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
304 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
324 aa  155  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.86 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.67 
 
 
248 aa  152  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
301 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
301 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
246 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
298 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.72 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.5 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  44.39 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>