More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2557 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
306 aa  636    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.96 
 
 
307 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00693631  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.84 
 
 
306 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
311 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
312 aa  348  6e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.17 
 
 
312 aa  348  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
313 aa  345  4e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.17 
 
 
312 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
312 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.65 
 
 
308 aa  339  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
317 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.53 
 
 
317 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1911  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.3 
 
 
287 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1367  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.92 
 
 
298 aa  252  7e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.145804 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
301 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
306 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
326 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  33.88 
 
 
305 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
296 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 
299 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
710 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
304 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  35 
 
 
901 aa  163  3e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
302 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
298 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 
913 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 
298 aa  155  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  35.5 
 
 
303 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  35.06 
 
 
303 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 
303 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
305 aa  149  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
304 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  32.42 
 
 
903 aa  148  9e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  36.8 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
302 aa  146  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.19 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
306 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
313 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
306 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
306 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
287 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
288 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
287 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  30.47 
 
 
306 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
306 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
307 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
287 aa  142  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
287 aa  142  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  32.5 
 
 
893 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.1 
 
 
313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
324 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
300 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
315 aa  136  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
324 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
324 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
324 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0994  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
247 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0983572  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
294 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.94 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
245 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.3 
 
 
246 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
247 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
316 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
292 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0825  hypothetical protein  33.85 
 
 
258 aa  124  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.67 
 
 
250 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.67 
 
 
250 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  33.45 
 
 
292 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.16 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  32.98 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.5 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0588577  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
248 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.38 
 
 
247 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
270 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1817  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
264 aa  116  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.568851  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.56 
 
 
301 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.34 
 
 
238 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>