More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2064 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
306 aa  632  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.63 
 
 
326 aa  381  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.87 
 
 
302 aa  377  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.42 
 
 
307 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.77 
 
 
301 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61 
 
 
303 aa  368  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.67 
 
 
303 aa  367  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.95 
 
 
302 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.52 
 
 
305 aa  338  5e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
305 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
300 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  53.51 
 
 
305 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.18 
 
 
304 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.64 
 
 
302 aa  321  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
300 aa  301  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
298 aa  295  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.17 
 
 
296 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.06 
 
 
710 aa  278  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
913 aa  263  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
298 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
294 aa  255  8e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
303 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
303 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  45.59 
 
 
286 aa  248  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.72 
 
 
287 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.72 
 
 
287 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.37 
 
 
304 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.61 
 
 
288 aa  246  3e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  47.87 
 
 
303 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  46.94 
 
 
303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.71 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
287 aa  242  5e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.49 
 
 
287 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  43.11 
 
 
903 aa  228  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
300 aa  223  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  45.07 
 
 
901 aa  217  2.9999999999999998e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
305 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  41.9 
 
 
893 aa  209  6e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
307 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00693631  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
311 aa  199  7e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  41.35 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
292 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
317 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
306 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
306 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
315 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
312 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
317 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
312 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.66 
 
 
307 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
306 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
306 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
306 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
312 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
313 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
312 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  44.83 
 
 
305 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.54 
 
 
303 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
313 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.41 
 
 
250 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.41 
 
 
250 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
305 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.77 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.2 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
304 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.87 
 
 
246 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
304 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
311 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  43.78 
 
 
304 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.46 
 
 
247 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.15 
 
 
252 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
301 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
251 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 
246 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1367  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.82 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.145804 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 
301 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 
301 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 
301 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
248 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
300 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
320 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
304 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
304 aa  158  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
303 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 
246 aa  158  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>