More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1187 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 
306 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.78 
 
 
303 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.05 
 
 
303 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.72 
 
 
303 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  84.28 
 
 
303 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  83.72 
 
 
303 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.74 
 
 
304 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.07 
 
 
306 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  55.87 
 
 
903 aa  315  7e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  52.72 
 
 
901 aa  308  6.999999999999999e-83  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  55.23 
 
 
286 aa  291  8e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  50 
 
 
893 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
287 aa  285  7e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.35 
 
 
287 aa  285  9e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.68 
 
 
299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.62 
 
 
287 aa  279  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.62 
 
 
287 aa  279  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.62 
 
 
288 aa  278  7e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.03 
 
 
913 aa  271  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
301 aa  268  8e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.8 
 
 
298 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
303 aa  263  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
303 aa  263  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
710 aa  263  4e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.12 
 
 
300 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.1 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.83 
 
 
305 aa  253  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.17 
 
 
307 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
302 aa  249  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 
300 aa  249  5e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
310 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  45.91 
 
 
305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.49 
 
 
300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
302 aa  241  9e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
305 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
305 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
296 aa  235  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
305 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
304 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.13 
 
 
298 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
313 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
309 aa  209  5e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
313 aa  209  5e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
306 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
306 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
306 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  43.64 
 
 
305 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  43.84 
 
 
304 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
301 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.17 
 
 
301 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
306 aa  199  6e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  46.97 
 
 
291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  43.64 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
303 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
301 aa  196  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
301 aa  195  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.68 
 
 
305 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.38 
 
 
334 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.33 
 
 
301 aa  194  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
305 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
301 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.75 
 
 
294 aa  193  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
304 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  45.55 
 
 
301 aa  191  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
305 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  46.27 
 
 
304 aa  189  4e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
301 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 
311 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
301 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
301 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
324 aa  189  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
301 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
330 aa  189  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
301 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.71 
 
 
305 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
301 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
310 aa  186  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
305 aa  182  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
301 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
307 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  44.09 
 
 
350 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
301 aa  176  3e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
316 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  43.95 
 
 
293 aa  175  8e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.64 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
317 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1567  short chain dehydrogenase  41.84 
 
 
292 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
304 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>