More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2307 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
294 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.99 
 
 
298 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.42 
 
 
303 aa  352  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.42 
 
 
303 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.95 
 
 
302 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.27 
 
 
310 aa  332  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.15 
 
 
307 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.6 
 
 
296 aa  312  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.18 
 
 
326 aa  297  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
305 aa  291  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
305 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
306 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.58 
 
 
300 aa  287  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  50.99 
 
 
305 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
305 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.24 
 
 
304 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
302 aa  271  7e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.6 
 
 
300 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.3 
 
 
303 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.07 
 
 
304 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  51.75 
 
 
306 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  53.36 
 
 
303 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  52.91 
 
 
303 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  50.42 
 
 
903 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.75 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.44 
 
 
303 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.54 
 
 
303 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
710 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.32 
 
 
287 aa  213  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
287 aa  210  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
300 aa  210  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.13 
 
 
305 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  45.06 
 
 
893 aa  209  6e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  47.5 
 
 
286 aa  207  1e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
287 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
287 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
288 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
913 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  44.62 
 
 
901 aa  203  3e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
299 aa  199  6e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
298 aa  192  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.98 
 
 
301 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
303 aa  172  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  46.02 
 
 
292 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  43.59 
 
 
305 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  39.75 
 
 
304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.49 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.48 
 
 
251 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.92 
 
 
305 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.73 
 
 
252 aa  163  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
312 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.95 
 
 
244 aa  162  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
317 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
312 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
254 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
292 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
304 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
301 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
301 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 
301 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  41.33 
 
 
293 aa  159  6e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
312 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
304 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
306 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.79 
 
 
247 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
306 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  41.35 
 
 
301 aa  157  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
306 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
317 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.15 
 
 
246 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
306 aa  156  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
313 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
306 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.05 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.05 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.79 
 
 
246 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
306 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
301 aa  155  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.18 
 
 
334 aa  155  8e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 
303 aa  155  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
312 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
301 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.7 
 
 
250 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
305 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.41 
 
 
246 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.96 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
301 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.25 
 
 
270 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
311 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
300 aa  152  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  38.7 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.59 
 
 
246 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>