More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1878 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
304 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.03 
 
 
304 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.72 
 
 
304 aa  603  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  82.24 
 
 
304 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.25 
 
 
334 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.55 
 
 
305 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.2 
 
 
305 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  63.88 
 
 
305 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
301 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.58 
 
 
305 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.68 
 
 
301 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
306 aa  374  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
303 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.69 
 
 
305 aa  360  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  62.09 
 
 
350 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.05 
 
 
305 aa  354  1e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.18 
 
 
304 aa  354  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.67 
 
 
301 aa  351  7e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.41 
 
 
306 aa  346  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.54 
 
 
304 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.38 
 
 
303 aa  343  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
304 aa  295  6e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
288 aa  223  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
287 aa  217  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
287 aa  216  5e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  47.66 
 
 
286 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.42 
 
 
317 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
299 aa  209  5e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
304 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  44.94 
 
 
303 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  44.94 
 
 
303 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  44.31 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
310 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
292 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
303 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
306 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
913 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
305 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
301 aa  191  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
305 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
710 aa  189  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  40.43 
 
 
292 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
305 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
300 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.35 
 
 
311 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  45.27 
 
 
305 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
310 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
302 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
332 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323003  normal  0.316172 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
300 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
307 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
302 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  42.98 
 
 
901 aa  180  2e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
305 aa  179  7e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
303 aa  178  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
303 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
301 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
301 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
301 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
301 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
300 aa  177  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
304 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
324 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
324 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
324 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
315 aa  176  4e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  42.92 
 
 
903 aa  176  6e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
313 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
300 aa  170  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
301 aa  169  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
306 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
306 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
306 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
301 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 
301 aa  168  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 
304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
298 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.54 
 
 
310 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.99 
 
 
301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  162  9e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
301 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
301 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
301 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
246 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
293 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
246 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
307 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
246 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>