More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1305 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
301 aa  612  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.38 
 
 
301 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.99 
 
 
334 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.41 
 
 
305 aa  461  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.07 
 
 
305 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  68.23 
 
 
305 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.78 
 
 
306 aa  421  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  67.89 
 
 
305 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  65.33 
 
 
304 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.67 
 
 
304 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.33 
 
 
304 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63 
 
 
304 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.1 
 
 
304 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.12 
 
 
303 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  66.91 
 
 
350 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  67.44 
 
 
304 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
305 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 
301 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.33 
 
 
303 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.99 
 
 
301 aa  364  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.6 
 
 
305 aa  362  6e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
306 aa  345  6e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 
304 aa  318  9e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
288 aa  240  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.56 
 
 
287 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.56 
 
 
287 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
287 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  49.02 
 
 
286 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.56 
 
 
287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
299 aa  231  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
304 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
298 aa  230  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.39 
 
 
306 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  49.03 
 
 
303 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  49.03 
 
 
303 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
309 aa  224  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  44.9 
 
 
306 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.49 
 
 
303 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.48 
 
 
303 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
292 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
913 aa  210  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
710 aa  209  5e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
310 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
302 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.81 
 
 
303 aa  204  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.81 
 
 
303 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  51 
 
 
903 aa  199  3e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.13 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 
301 aa  196  6e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  42.61 
 
 
301 aa  195  7e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.73 
 
 
300 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
311 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  41.75 
 
 
304 aa  192  6e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
300 aa  192  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  43.32 
 
 
901 aa  192  6e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
301 aa  192  7e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
301 aa  192  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  41.28 
 
 
305 aa  191  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
305 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  38.68 
 
 
292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
301 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
301 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
332 aa  188  9e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323003  normal  0.316172 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
301 aa  188  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
313 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
300 aa  187  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
305 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.81 
 
 
307 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
315 aa  185  8e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
302 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
305 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
326 aa  183  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
301 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
304 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
310 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
301 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  38.33 
 
 
893 aa  180  2e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
310 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
247 aa  179  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
306 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
306 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
306 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.83 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.82 
 
 
247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.81 
 
 
247 aa  172  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
293 aa  172  9e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.3 
 
 
306 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.518156  normal  0.780248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
313 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
307 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.857131  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4620  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.95 
 
 
307 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
351 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4708  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.95 
 
 
307 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>