More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0334 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
294 aa  580  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0588577  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
315 aa  176  4e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.2 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
310 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
306 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
306 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
306 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
298 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
302 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
301 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  37.22 
 
 
286 aa  155  8e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
305 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 
303 aa  152  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 
303 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
305 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 
300 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  37.05 
 
 
305 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
305 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
710 aa  149  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
324 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
326 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
287 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
287 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
287 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
302 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  38.46 
 
 
893 aa  142  7e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  34.98 
 
 
901 aa  141  9.999999999999999e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.92 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
913 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
306 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 
300 aa  139  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
304 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
303 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  36.63 
 
 
903 aa  135  8e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
300 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  33.87 
 
 
303 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  33.87 
 
 
303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
320 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
330 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.93 
 
 
306 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
305 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
313 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
303 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
246 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
301 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
308 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
301 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 
301 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.555995  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
250 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.19 
 
 
246 aa  112  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
320 aa  113  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
318 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890944  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 
301 aa  112  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
317 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.78 
 
 
245 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 
304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.01 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.95 
 
 
574 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.75 
 
 
248 aa  110  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.9 
 
 
248 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
301 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
317 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.65 
 
 
248 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
248 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.883232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
250 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
261 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.93 
 
 
245 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
270 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159561  normal  0.144128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>