More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0362 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
330 aa  661    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
324 aa  265  8e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
324 aa  258  8e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.76 
 
 
710 aa  231  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
313 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
299 aa  229  6e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 
320 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.71 
 
 
913 aa  228  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.41 
 
 
315 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
303 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.05 
 
 
306 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.05 
 
 
306 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.05 
 
 
306 aa  218  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  42.67 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  42.67 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.47 
 
 
306 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
306 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
313 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
303 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.69 
 
 
287 aa  209  4e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
287 aa  208  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
287 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
287 aa  206  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
305 aa  206  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
288 aa  205  7e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.88 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  40.14 
 
 
286 aa  197  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
302 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  37.31 
 
 
901 aa  194  1e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
305 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  49.51 
 
 
903 aa  191  1e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
300 aa  192  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  40.48 
 
 
305 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
326 aa  188  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.8 
 
 
304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
303 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
301 aa  186  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
303 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.44 
 
 
292 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
302 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  39.04 
 
 
292 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 
291 aa  172  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.44 
 
 
310 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.62 
 
 
302 aa  170  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
306 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
304 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  39.92 
 
 
305 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.92 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
304 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  35.37 
 
 
893 aa  160  2e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
311 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
304 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
303 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
296 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
309 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  39.02 
 
 
304 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
305 aa  156  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
301 aa  155  8e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
303 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
298 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
301 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
301 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
301 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.36 
 
 
305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
310 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
306 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 
334 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
301 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
301 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
301 aa  149  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
317 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
301 aa  149  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
301 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 
301 aa  146  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.01 
 
 
301 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  38.81 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
351 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
301 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  35 
 
 
304 aa  138  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
306 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
305 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
304 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
310 aa  136  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>