More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3902 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  100 
 
 
350 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.49 
 
 
304 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  86.18 
 
 
304 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.76 
 
 
334 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.78 
 
 
306 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  66.67 
 
 
305 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.78 
 
 
305 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.1 
 
 
301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.12 
 
 
305 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.75 
 
 
305 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  64.8 
 
 
304 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.12 
 
 
303 aa  394  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.83 
 
 
304 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
304 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.9 
 
 
301 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.84 
 
 
304 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 
305 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.7 
 
 
301 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.66 
 
 
305 aa  362  6e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57 
 
 
303 aa  345  5e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
301 aa  343  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
306 aa  339  4e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
304 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
309 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
317 aa  228  8e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
298 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.64 
 
 
299 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  45.52 
 
 
291 aa  219  5e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
304 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.89 
 
 
305 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
301 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
301 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
301 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.61 
 
 
301 aa  210  4e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.22 
 
 
286 aa  206  3e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
306 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  41.75 
 
 
301 aa  206  4e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
301 aa  206  6e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
288 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
287 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
287 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 
292 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  47.5 
 
 
303 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
303 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  47.08 
 
 
303 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
301 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.01 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.7 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
304 aa  199  7e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
301 aa  198  9e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.29 
 
 
303 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
913 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.14 
 
 
301 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
287 aa  195  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
300 aa  192  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  48.78 
 
 
903 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323003  normal  0.316172 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.76 
 
 
310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  43.73 
 
 
901 aa  189  7e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  41.49 
 
 
292 aa  189  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.3 
 
 
302 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
710 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
301 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
313 aa  186  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.6 
 
 
306 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.6 
 
 
306 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.6 
 
 
306 aa  186  7e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
300 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
310 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 
293 aa  180  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
310 aa  179  7e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4708  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
307 aa  179  9e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4620  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
307 aa  179  9e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.07 
 
 
313 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
300 aa  178  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
305 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
300 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
324 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
324 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
324 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
305 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.555995  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.29 
 
 
306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.518156  normal  0.780248 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.35 
 
 
324 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
305 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  43.59 
 
 
305 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
307 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
326 aa  171  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2602  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
308 aa  170  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.263864  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
244 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5205  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
307 aa  169  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.152871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>