More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2388 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
301 aa  610  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.38 
 
 
301 aa  494  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.07 
 
 
334 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.74 
 
 
305 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.41 
 
 
305 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  68.23 
 
 
305 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  67.89 
 
 
305 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.33 
 
 
304 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  65 
 
 
304 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
304 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
304 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.79 
 
 
306 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.1 
 
 
304 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.46 
 
 
303 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3902  putative short-chain dehydrogenase  67.99 
 
 
350 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4414  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  68.44 
 
 
304 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27323  normal  0.448536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.8 
 
 
305 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.13 
 
 
301 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
303 aa  358  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
305 aa  358  5e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.157995  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.62 
 
 
301 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
306 aa  328  8e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.3 
 
 
309 aa  231  8.000000000000001e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
287 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
287 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
288 aa  230  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
298 aa  228  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
287 aa  227  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
287 aa  225  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  47.64 
 
 
286 aa  224  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
299 aa  224  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
317 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.199675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  48.64 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  48.64 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.24 
 
 
304 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.09 
 
 
303 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
292 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.18 
 
 
306 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.04 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
913 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
303 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  44.17 
 
 
291 aa  207  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 
301 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 
301 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 
301 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
710 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  42.81 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  40.07 
 
 
292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 
301 aa  196  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
301 aa  195  6e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
311 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
310 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
300 aa  192  8e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
300 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  49.5 
 
 
903 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
301 aa  189  5e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.5 
 
 
302 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
303 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
301 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
303 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407831  normal  0.964751 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  42.56 
 
 
901 aa  184  2.0000000000000003e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  39.86 
 
 
304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
302 aa  182  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
313 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
301 aa  180  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  39.5 
 
 
305 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.09 
 
 
326 aa  177  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
310 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
310 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
247 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
315 aa  175  7e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
300 aa  175  8e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
351 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.497281  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
307 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
332 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323003  normal  0.316172 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
305 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
306 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  38.01 
 
 
893 aa  171  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
306 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
301 aa  170  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
306 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
306 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
304 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
302 aa  169  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1553  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.52 
 
 
310 aa  166  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.599699 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13536  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
317 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.721751  hitchhiker  0.00000286322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
246 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
247 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>