More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0333 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
316 aa  632  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
313 aa  197  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
305 aa  189  7e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
298 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
299 aa  179  8e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
301 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 
303 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.23 
 
 
306 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  41.5 
 
 
303 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
710 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  41.5 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.86 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
913 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
303 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.149796  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
300 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
303 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
303 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
306 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
300 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
326 aa  169  8e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
304 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.28 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  42.08 
 
 
305 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
305 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
324 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
324 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.710215  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
324 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  40.64 
 
 
903 aa  159  5e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
305 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  39.04 
 
 
286 aa  157  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
287 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
287 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
288 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 
302 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
300 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
287 aa  151  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
307 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
304 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  35.54 
 
 
901 aa  150  3e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
306 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
310 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6296  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
305 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.953973  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.62 
 
 
330 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872032  normal  0.990954 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
301 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.072083  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2741  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5264  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
301 aa  139  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.251034 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1492  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
303 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.707326  normal  0.647553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5066  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
301 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.727463  normal  0.567593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4681  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
301 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.351016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4767  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
301 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
298 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
318 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890944  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3834  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
303 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157096  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
292 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.943405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
317 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
310 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181126  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13581  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0990591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  31.73 
 
 
893 aa  129  8.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
249 aa  129  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00209875  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2341  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
291 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199722  decreased coverage  0.00200779 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0701  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.19 
 
 
247 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555171 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
309 aa  127  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.85 
 
 
246 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.64 
 
 
249 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
304 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0386113 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
320 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4347  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
247 aa  126  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.296553  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
317 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51090  putative short-chain dehydrogenase  39.11 
 
 
305 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.264954  decreased coverage  0.0000000605367 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
306 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
304 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0854681  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
320 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2930  putative short-chain dehydrogenase  38.52 
 
 
304 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
304 aa  123  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.973292  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4360  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.1 
 
 
305 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
246 aa  122  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
304 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336775  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2739  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
311 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0994  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.61 
 
 
247 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0983572  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
280 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
310 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5003  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  37.71 
 
 
292 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.874894  normal  0.0924335 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
253 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  119  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
246 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>