215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1129 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1129  phenylacetic acid degradation-related protein  100 
 
 		 319 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.705789  normal  0.314496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1029  phenylacetic acid degradation-related protein  90.48 
 
 		 295 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.800657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5044  thioesterase superfamily protein  84.87 
 
 		 304 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2725  putative phenylacetic acid degradation-related protein  63.41 
 
 		 301 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1449  hypothetical protein  35.03 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1655  hypothetical protein  32.72 
 
 		 335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.104709  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1884  thioesterase superfamily protein  33.23 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.679311  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2754  hypothetical protein  33.23 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0304755  normal  0.110761 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0441  thioesterase superfamily protein  50.7 
 
 		 233 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0440  thioesterase superfamily protein  54.92 
 
 		 145 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2865  hypothetical protein  52.5 
 
 		 167 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4895  thioesterase superfamily protein  54.62 
 
 		 167 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1378  hypothetical protein  46.56 
 
 		 152 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0877  hypothetical protein  50.41 
 
 		 163 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.609076 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2967  phenylacetic acid degradation-related protein  45.14 
 
 		 151 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247323  normal  0.0252633 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2202  hypothetical protein  49.59 
 
 		 163 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.42347  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0843  thioesterase superfamily protein  49.59 
 
 		 144 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.515116 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5262  thioesterase superfamily protein  43.8 
 
 		 144 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4894  thioesterase superfamily protein  42.62 
 
 		 139 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1553  phenylacetic acid degradation-related protein  44.12 
 
 		 140 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5263  thioesterase superfamily protein  43.36 
 
 		 158 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3752  thioesterase superfamily protein  48.48 
 
 		 158 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4181  thioesterase superfamily protein  47.47 
 
 		 158 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.101635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1687  thioesterase superfamily protein  47.47 
 
 		 158 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.311432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1732  hypothetical protein  41.35 
 
 		 165 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.253534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2324  phenylacetic acid degradation-related protein  42.11 
 
 		 180 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3504  thioesterase superfamily protein  46.46 
 
 		 158 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.787883 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1523  hypothetical protein  41.67 
 
 		 169 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2289  thioesterase superfamily protein  39.58 
 
 		 168 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2493  thioesterase superfamily protein  39.53 
 
 		 148 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0486038  normal  0.110001 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2722  hypothetical protein  41.67 
 
 		 175 aa  99.4  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2864  thioesterase superfamily protein  42.22 
 
 		 167 aa  99.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1623  phenylacetic acid degradation-like protein  37.59 
 
 		 178 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.866187  normal  0.0463589 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0524  hypothetical protein  47.54 
 
 		 162 aa  98.6  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43890  hypothetical protein  37.4 
 
 		 157 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2487  thioesterase superfamily protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.004295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2203  hypothetical protein  39.55 
 
 		 168 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.224192  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1791  thioesterase superfamily protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.133003  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2494  thioesterase superfamily protein  37.59 
 
 		 159 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0172407  normal  0.149006 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1835  thioesterase superfamily protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.651387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2313  hypothetical protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.352653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2383  hypothetical protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2506  hypothetical protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000551148 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0878  thioesterase superfamily protein  39.55 
 
 		 168 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.609076 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1799  thioesterase superfamily protein  41.67 
 
 		 175 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3681  hypothetical protein  36.64 
 
 		 157 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.302156  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1825  thioesterase superfamily protein  42.86 
 
 		 168 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00014804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1377  thioesterase superfamily protein  42.28 
 
 		 152 aa  95.9  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.732085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0879  hypothetical protein  40.83 
 
 		 155 aa  95.1  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0880  thioesterase superfamily protein  40.32 
 
 		 150 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3680  hypothetical protein  39.02 
 
 		 148 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284367  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0844  thioesterase superfamily protein  36.55 
 
 		 173 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.689934 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0523  hypothetical protein  39.83 
 
 		 141 aa  94  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.317062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43880  hypothetical protein  39.5 
 
 		 148 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4180  thioesterase superfamily protein  38.71 
 
 		 160 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1624  thioesterase superfamily protein  37.4 
 
 		 150 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0436305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1688  thioesterase superfamily protein  38.71 
 
 		 160 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.233754  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2721  hypothetical protein  36.75 
 
 		 159 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3503  thioesterase superfamily protein  39.52 
 
 		 160 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.633344 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2312  thioesterase superfamily protein  36.75 
 
 		 154 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.35983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2382  thioesterase superfamily protein  36.75 
 
 		 154 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2505  thioesterase superfamily protein  36.75 
 
 		 154 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000534909 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1792  thioesterase superfamily protein  35.9 
 
 		 165 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00168803  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0904  phenylacetic acid degradation-related protein  37.1 
 
 		 137 aa  90.5  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.765027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2486  thioesterase superfamily protein  35.9 
 
 		 165 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00173813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1800  thioesterase superfamily protein  35.9 
 
 		 165 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1836  thioesterase superfamily protein  35.9 
 
 		 165 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.867971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1826  thioesterase superfamily protein  36.75 
 
 		 168 aa  89.4  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00011356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1524  thioesterase superfamily protein  36.97 
 
 		 155 aa  89  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3751  thioesterase superfamily protein  38.71 
 
 		 160 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0905  phenylacetic acid degradation-related protein  36.23 
 
 		 167 aa  89  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.503626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2323  thioesterase superfamily protein  33.82 
 
 		 147 aa  88.6  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.384497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0100  thioesterase superfamily protein  38.28 
 
 		 162 aa  87  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.975371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1733  thioesterase superfamily protein  35.04 
 
 		 154 aa  87  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1052  hypothetical protein  37.7 
 
 		 156 aa  86.3  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0431  hypothetical protein  41.07 
 
 		 163 aa  86.3  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2966  thioesterase superfamily protein  37.04 
 
 		 167 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.697555  normal  0.0270768 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1552  hypothetical protein  34.81 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.661135 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0593  hypothetical protein  37.5 
 
 		 163 aa  83.6  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1053  thioesterase superfamily protein  35.29 
 
 		 144 aa  83.6  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0099  thioesterase superfamily protein  37.19 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.809262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0432  hypothetical protein  33.61 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3340  thioesterase superfamily protein  39.74 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0295  hypothetical protein  30.3 
 
 		 155 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3976  hypothetical protein  32.31 
 
 		 155 aa  64.3  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00660119  normal  0.634827 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1836  hypothetical protein  32.85 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0594  hypothetical protein  31.93 
 
 		 168 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1115  thioesterase superfamily protein  31.15 
 
 		 138 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.62313 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4185  hypothetical protein  30 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4283  hypothetical protein  30 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.846791 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4164  hypothetical protein  30 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4343  hypothetical protein  30 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4236  hypothetical protein  30 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03699  hypothetical protein  29.23 
 
 		 155 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4159  thioesterase superfamily protein  29.23 
 
 		 155 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4044  hypothetical protein  29.23 
 
 		 161 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4188  hypothetical protein  29.23 
 
 		 155 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.831294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4187  hypothetical protein  29.23 
 
 		 155 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0132794 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4287  hypothetical protein  29.23 
 
 		 161 aa  58.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4341  hypothetical protein  29.23 
 
 		 161 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>