178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1836 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1836  hypothetical protein  100 
 
 
162 aa  331  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0435  hypothetical protein  58.86 
 
 
163 aa  200  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0158268 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0599  hypothetical protein  57.64 
 
 
160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.524334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1344  hypothetical protein  56.94 
 
 
166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0578  hypothetical protein  57.64 
 
 
160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3505  hypothetical protein  51.23 
 
 
162 aa  167  7e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.168583  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3919  hypothetical protein  56.34 
 
 
169 aa  165  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  0.128368 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0588  hypothetical protein  52.08 
 
 
163 aa  158  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.565127  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3469  hypothetical protein  51.57 
 
 
188 aa  155  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.247806  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0295  hypothetical protein  42.65 
 
 
155 aa  130  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0191  hypothetical protein  41.84 
 
 
156 aa  117  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631837  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69270  hypothetical protein  42.65 
 
 
157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5992  hypothetical protein  40.71 
 
 
157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0331  hypothetical protein  37.06 
 
 
154 aa  111  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0191  hypothetical protein  38.51 
 
 
156 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.338214 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0365  hypothetical protein  36.24 
 
 
154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3831  hypothetical protein  37.59 
 
 
154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03699  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4159  thioesterase superfamily protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03648  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4188  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.831294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4187  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0132794 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5261  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  111  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.712373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0390  hypothetical protein  38.3 
 
 
154 aa  110  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3591  hypothetical protein  36.24 
 
 
154 aa  110  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3764  hypothetical protein  36.24 
 
 
154 aa  110  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.337752 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4287  hypothetical protein  36.84 
 
 
161 aa  110  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4341  hypothetical protein  36.84 
 
 
161 aa  110  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4044  hypothetical protein  36.84 
 
 
161 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4242  hypothetical protein  36.24 
 
 
154 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4236  hypothetical protein  37.5 
 
 
155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4343  hypothetical protein  37.5 
 
 
155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4283  hypothetical protein  37.5 
 
 
155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.846791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4185  hypothetical protein  37.5 
 
 
155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4164  hypothetical protein  37.5 
 
 
155 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3966  hypothetical protein  40.29 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0468  hypothetical protein  34.9 
 
 
154 aa  108  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4156  hypothetical protein  40.29 
 
 
162 aa  107  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488537  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3976  hypothetical protein  36.18 
 
 
155 aa  107  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00660119  normal  0.634827 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0394  hypothetical protein  36.69 
 
 
154 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00040672 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0383  hypothetical protein  36.69 
 
 
154 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.242451  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0382  hypothetical protein  36.69 
 
 
154 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0408  hypothetical protein  36.69 
 
 
154 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000864765 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3823  hypothetical protein  34.46 
 
 
154 aa  105  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0240  hypothetical protein  40.43 
 
 
156 aa  104  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.368257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0253  hypothetical protein  36.99 
 
 
157 aa  104  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4553  hypothetical protein  35.92 
 
 
154 aa  103  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449757 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3475  hypothetical protein  33.78 
 
 
154 aa  102  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.523059  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0216  hypothetical protein  41.01 
 
 
156 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4000  hypothetical protein  41.01 
 
 
156 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.279387  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0553  hypothetical protein  41.01 
 
 
156 aa  101  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3340  thioesterase superfamily protein  39.13 
 
 
150 aa  87.4  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1049  phenylacetic acid degradation-related protein  33.33 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000760712  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1129  phenylacetic acid degradation-related protein  32.85 
 
 
319 aa  63.9  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.705789  normal  0.314496 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2647  phenylacetic acid degradation-related protein  31.25 
 
 
138 aa  62.4  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0947  thioesterase superfamily protein  29.32 
 
 
155 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285063 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1029  phenylacetic acid degradation-related protein  32.12 
 
 
295 aa  60.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.800657  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1115  thioesterase superfamily protein  34.15 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.62313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5044  thioesterase superfamily protein  32.12 
 
 
304 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2865  hypothetical protein  29.56 
 
 
167 aa  58.9  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1378  hypothetical protein  31.01 
 
 
152 aa  57.4  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2516  phenylacetic acid degradation-related protein  28.12 
 
 
135 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.158842 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0749  hypothetical protein  31.97 
 
 
139 aa  57.4  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.053315  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1251  phenylacetic acid degradation-related protein  28.48 
 
 
136 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5821  thioesterase superfamily protein  24.32 
 
 
139 aa  57  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.104468  normal  0.024751 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0301  hypothetical protein  29.77 
 
 
126 aa  57  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1149  phenylacetic acid degradation-related protein  29.32 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1449  hypothetical protein  33.91 
 
 
329 aa  56.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1354  hypothetical protein  33.03 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3906  thioesterase superfamily protein  28.46 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2725  putative phenylacetic acid degradation-related protein  29.2 
 
 
301 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1523  hypothetical protein  32.17 
 
 
169 aa  54.7  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3083  phenylacetic acid degradation-related protein  28.95 
 
 
145 aa  54.3  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0009  thioesterase superfamily protein  29.55 
 
 
161 aa  53.9  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.239362  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2973  phenylacetic acid degradation-related protein  27.48 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.118256  normal  0.158461 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2324  phenylacetic acid degradation-related protein  31.3 
 
 
180 aa  53.5  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2323  thioesterase superfamily protein  25.19 
 
 
147 aa  52  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.384497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1524  thioesterase superfamily protein  25.19 
 
 
155 aa  52  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2356  phenylacetic acid degradation-related protein  24.49 
 
 
144 aa  50.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757412  normal  0.692346 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0021  thioesterase superfamily protein  31.63 
 
 
168 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2334  phenylacetic acid degradation-related protein  26.9 
 
 
148 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.788653  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1884  thioesterase superfamily protein  26.12 
 
 
332 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.679311  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4895  thioesterase superfamily protein  30.43 
 
 
167 aa  50.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2312  thioesterase superfamily protein  26.47 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.35983  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2382  thioesterase superfamily protein  26.47 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2505  thioesterase superfamily protein  26.47 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000534909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0843  thioesterase superfamily protein  28.77 
 
 
144 aa  48.9  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.515116 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2721  hypothetical protein  26.67 
 
 
159 aa  48.5  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  29.9 
 
 
153 aa  48.5  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1053  thioesterase superfamily protein  26.87 
 
 
144 aa  48.5  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1836  thioesterase superfamily protein  26.67 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.867971  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2722  hypothetical protein  29.57 
 
 
175 aa  48.1  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2486  thioesterase superfamily protein  26.67 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00173813  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1800  thioesterase superfamily protein  26.67 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1655  hypothetical protein  26.67 
 
 
335 aa  48.1  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.104709  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1792  thioesterase superfamily protein  26.67 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00168803  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2313  hypothetical protein  29.57 
 
 
175 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.352653  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2383  hypothetical protein  29.57 
 
 
175 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2506  hypothetical protein  29.57 
 
 
175 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000551148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2878  hypothetical protein  30.84 
 
 
158 aa  47.8  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>