More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0530 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0192  protein of unknown function DUF214  84.74 
 
 		 856 aa  1368    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000202094  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2269  hypothetical protein  53.96 
 
 		 892 aa  766    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.445906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2226  protein of unknown function DUF214  54.27 
 
 		 862 aa  759    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0961704 
 
 
-
 
NC_004310  BR0087  ABC transporter, permease protein  48.88 
 
 		 849 aa  771    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.320612  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0829  hypothetical protein  51.54 
 
 		 871 aa  754    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270904  normal  0.305315 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0099  hypothetical protein  50.65 
 
 		 849 aa  795    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4181  hypothetical protein  49.52 
 
 		 848 aa  730    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.821525  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0085  ABC transporter, permease protein  48.88 
 
 		 849 aa  739    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0414  hypothetical protein  75.29 
 
 		 851 aa  1192    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.336355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2544  protein of unknown function DUF214  54.43 
 
 		 860 aa  778    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.519388  normal  0.0357395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0387  putative ABC transporter, permease protein  75 
 
 		 856 aa  1208    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1394  hypothetical protein  50.18 
 
 		 858 aa  758    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.472262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0286  hypothetical protein  93.06 
 
 		 860 aa  1445    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463422  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0199  hypothetical protein  79 
 
 		 851 aa  1258    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1913  protein of unknown function DUF214  52.45 
 
 		 882 aa  737    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.549699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1757  hypothetical protein  54.05 
 
 		 851 aa  780    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0530  hypothetical protein  100 
 
 		 864 aa  1687    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3733  protein of unknown function DUF214  51.06 
 
 		 847 aa  742    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0550  hypothetical protein  78.41 
 
 		 858 aa  1212    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3352  hypothetical protein  50.35 
 
 		 869 aa  744    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1016  hypothetical protein  54.81 
 
 		 858 aa  838    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331004  normal  0.145704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3075  hypothetical protein  51.31 
 
 		 863 aa  725    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5469  hypothetical protein  56.11 
 
 		 862 aa  863    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18562  normal  0.18 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4056  protein of unknown function DUF214  51.3 
 
 		 847 aa  764    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1778  protein of unknown function DUF214  55.58 
 
 		 863 aa  840    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2679  putative ABC transporter permease  39.86 
 
 		 842 aa  519  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0339343  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3653  hypothetical protein  43.02 
 
 		 847 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1671  protein of unknown function DUF214  36.49 
 
 		 844 aa  504  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0107522  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0698  hypothetical protein  39.76 
 
 		 833 aa  505  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2222  protein of unknown function DUF214  35.68 
 
 		 935 aa  498  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0124  hypothetical protein  40.42 
 
 		 831 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0544905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0411  hypothetical protein  36.95 
 
 		 852 aa  479  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.773219  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3957  hypothetical protein  38.84 
 
 		 835 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3603  eflux ABC transporter inner membrane protein  39.48 
 
 		 835 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217562  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3288  hypothetical protein  39.24 
 
 		 835 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2271  hypothetical protein  37.47 
 
 		 842 aa  465  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276468  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3687  hypothetical protein  38.99 
 
 		 840 aa  443  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1150  hypothetical protein  36.52 
 
 		 847 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1276  hypothetical protein  37.49 
 
 		 838 aa  372  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.53995  normal  0.0280549 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1929  protein of unknown function DUF214  35.75 
 
 		 864 aa  364  5.0000000000000005e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316143  normal  0.35107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6498  protein of unknown function DUF214  26.9 
 
 		 835 aa  257  6e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.850994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1252  hypothetical protein  27.18 
 
 		 835 aa  253  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0948  hypothetical protein  27.72 
 
 		 835 aa  242  2e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2108  protein of unknown function DUF214  25.85 
 
 		 832 aa  242  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1066  protein of unknown function DUF214  30.54 
 
 		 840 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2110  protein of unknown function DUF214  26.58 
 
 		 833 aa  240  6.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0071  hypothetical protein  27.76 
 
 		 841 aa  238  5.0000000000000005e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116894 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1068  hypothetical protein  27.61 
 
 		 832 aa  236  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.105471  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1597  protein of unknown function DUF214  24.59 
 
 		 861 aa  229  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0427  hypothetical protein  26.09 
 
 		 829 aa  223  8e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.940862  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2414  hypothetical protein  27.91 
 
 		 832 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.459172  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1399  ABC transporter, permease protein  26.23 
 
 		 830 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0934  hypothetical protein  27.54 
 
 		 869 aa  217  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1918  protein of unknown function DUF214  28.45 
 
 		 844 aa  217  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00532118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1602  hypothetical protein  31.36 
 
 		 874 aa  217  8e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000566259 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2407  hypothetical protein  29.62 
 
 		 826 aa  214  4.9999999999999996e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514228  hitchhiker  0.00130087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2310  ABC transporter, permease protein  25.9 
 
 		 836 aa  213  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.545589  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2242  protein of unknown function DUF214  28.1 
 
 		 844 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.805016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0542  protein of unknown function DUF214  27.06 
 
 		 843 aa  212  3e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27140  hypothetical protein  29.74 
 
 		 830 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2266  permease, putative  27.64 
 
 		 838 aa  208  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145107  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2066  hypothetical protein  26.88 
 
 		 838 aa  206  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.134664  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0600  efflux ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 		 804 aa  203  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.77559 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0545  efflux ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 		 804 aa  203  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2091  hypothetical protein  27.11 
 
 		 843 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.597991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0557  efflux ABC transporter permease  27.55 
 
 		 804 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0431  efflux ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 		 805 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0572  efflux ABC transporter permease  27.55 
 
 		 804 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.868504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0562  efflux ABC transporter permease protein  27.55 
 
 		 804 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.336553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0555  efflux ABC transporter, permease protein  27.55 
 
 		 804 aa  201  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0970  hypothetical protein  27.02 
 
 		 804 aa  201  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2912  hypothetical protein  27.07 
 
 		 842 aa  201  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0535  efflux ABC transporter, permease protein  27.42 
 
 		 804 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00447  predicted inner membrane protein  27.38 
 
 		 804 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3114  protein of unknown function DUF214  27.42 
 
 		 804 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0575  efflux ABC transporter, permease protein  27.42 
 
 		 804 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00452  hypothetical protein  27.38 
 
 		 804 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1273  efflux ABC transporter permease  27.14 
 
 		 809 aa  199  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0734608  normal  0.924579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0616  efflux ABC transporter permease  27.43 
 
 		 804 aa  198  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3120  hypothetical protein  27.42 
 
 		 804 aa  197  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749019 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3019  efflux ABC transporter, permease protein  27.02 
 
 		 809 aa  197  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00602267  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2114  hypothetical protein  27.82 
 
 		 831 aa  195  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74108  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5607  hypothetical protein  29.21 
 
 		 871 aa  195  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0846  hypothetical protein  28.29 
 
 		 858 aa  195  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1056  protein of unknown function DUF214  27.98 
 
 		 810 aa  195  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3157  hypothetical protein  27.02 
 
 		 809 aa  194  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.513308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1989  hypothetical protein  25.79 
 
 		 827 aa  194  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.662339  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2050  hypothetical protein  26.77 
 
 		 870 aa  191  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300889  normal  0.913564 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0810  putative transmembrane protein  29.67 
 
 		 856 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3191  protein of unknown function DUF214  25.42 
 
 		 809 aa  191  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0495543  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1159  hypothetical protein  26.47 
 
 		 810 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184343 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3255  hypothetical protein  29.55 
 
 		 839 aa  190  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0335123  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0998  hypothetical protein  28.21 
 
 		 863 aa  189  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0792753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0898  hypothetical protein  26.47 
 
 		 851 aa  189  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1124  hypothetical protein  25.21 
 
 		 809 aa  188  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.101154  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2785  protein of unknown function DUF214  29.02 
 
 		 857 aa  188  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.482364  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3003  protein of unknown function DUF214  27.03 
 
 		 810 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3824  hypothetical protein  30.24 
 
 		 843 aa  185  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.936763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2196  hypothetical protein  27.83 
 
 		 834 aa  184  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3458  hypothetical protein  28.52 
 
 		 857 aa  184  7e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.840481  normal  0.470717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>