179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2310 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2310  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
836 aa  1687    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.545589  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2912  hypothetical protein  41.48 
 
 
842 aa  646    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02302  ABC-type transport system, permease component  38.64 
 
 
840 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2896  hypothetical protein  38.78 
 
 
821 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000431502 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1698  hypothetical protein  37.37 
 
 
823 aa  524  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2401  hypothetical protein  39.16 
 
 
816 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.678425  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1487  ABC transporter, permease, putative  38.58 
 
 
818 aa  511  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1545  hypothetical protein  38.74 
 
 
833 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1662  hypothetical protein  38.49 
 
 
817 aa  500  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000552359  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1480  hypothetical protein  38.51 
 
 
833 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1539  hypothetical protein  38.63 
 
 
833 aa  502  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2707  hypothetical protein  37.96 
 
 
836 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2783  hypothetical protein  37.79 
 
 
837 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.667381  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2686  hypothetical protein  37.95 
 
 
842 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1680  protein of unknown function DUF214  37.95 
 
 
842 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.432743  normal  0.217716 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2926  ABC transporter, permease, putative  38.34 
 
 
835 aa  488  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2366  hypothetical protein  38.15 
 
 
827 aa  483  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.197088  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2390  hypothetical protein  38.42 
 
 
831 aa  477  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.652609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2209  hypothetical protein  35.02 
 
 
819 aa  479  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.795386  normal  0.224518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2566  hypothetical protein  36.86 
 
 
827 aa  476  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0970  hypothetical protein  34.62 
 
 
804 aa  452  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1399  ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 
830 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00447  predicted inner membrane protein  33.57 
 
 
804 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3114  protein of unknown function DUF214  33.45 
 
 
804 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0575  efflux ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 
804 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0431  efflux ABC transporter, permease protein  33.73 
 
 
805 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0545  efflux ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 
804 aa  432  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3120  hypothetical protein  33.57 
 
 
804 aa  431  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749019 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00452  hypothetical protein  33.57 
 
 
804 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1124  hypothetical protein  32.01 
 
 
809 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.101154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0535  efflux ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
804 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0600  efflux ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 
804 aa  429  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.77559 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0616  efflux ABC transporter permease  32.57 
 
 
804 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0562  efflux ABC transporter permease protein  32.57 
 
 
804 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.336553  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0555  efflux ABC transporter, permease protein  32.57 
 
 
804 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0557  efflux ABC transporter permease  32.57 
 
 
804 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3191  protein of unknown function DUF214  32.07 
 
 
809 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0495543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2266  permease, putative  31.74 
 
 
838 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145107  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0572  efflux ABC transporter permease  32.45 
 
 
804 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.868504 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1046  hypothetical protein  33.49 
 
 
828 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1273  efflux ABC transporter permease  33.49 
 
 
809 aa  414  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0734608  normal  0.924579 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3019  efflux ABC transporter, permease protein  33.37 
 
 
809 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00602267  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2066  hypothetical protein  31.35 
 
 
838 aa  412  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.134664  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3157  hypothetical protein  33.37 
 
 
809 aa  412  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.513308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4016  hypothetical protein  34.47 
 
 
834 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.401086  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3446  ABC transporter, permease protein, putative  31.18 
 
 
828 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000339618  hitchhiker  0.000208184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1918  hypothetical protein  31.93 
 
 
835 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00695603  hitchhiker  0.000000000000882803 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3003  protein of unknown function DUF214  32.97 
 
 
810 aa  398  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0427  hypothetical protein  31.54 
 
 
829 aa  394  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.940862  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1056  protein of unknown function DUF214  32.5 
 
 
810 aa  395  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2316  hypothetical protein  32.01 
 
 
832 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000697167 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1159  hypothetical protein  33.49 
 
 
810 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27140  hypothetical protein  32.34 
 
 
830 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1989  hypothetical protein  32.89 
 
 
827 aa  388  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.662339  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3453  hypothetical protein  32.05 
 
 
832 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000113684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2296  hypothetical protein  31.86 
 
 
833 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0948  hypothetical protein  30.38 
 
 
835 aa  382  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23050  hypothetical protein  32.87 
 
 
833 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.636342  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2050  hypothetical protein  31.01 
 
 
870 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300889  normal  0.913564 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2114  hypothetical protein  32.17 
 
 
831 aa  375  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74108  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1918  protein of unknown function DUF214  29.88 
 
 
844 aa  372  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00532118  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1066  protein of unknown function DUF214  29.93 
 
 
840 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2091  hypothetical protein  29.86 
 
 
843 aa  368  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.597991  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0934  hypothetical protein  30.67 
 
 
869 aa  369  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1252  hypothetical protein  28.91 
 
 
835 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2407  hypothetical protein  30.67 
 
 
826 aa  369  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514228  hitchhiker  0.00130087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1315  protein of unknown function DUF214  31.15 
 
 
861 aa  364  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.156464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1758  hypothetical protein  32.01 
 
 
835 aa  361  3e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.293557  hitchhiker  0.00000000277599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2560  hypothetical protein  33.95 
 
 
834 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00315514  hitchhiker  0.00000000000119307 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2242  protein of unknown function DUF214  29.53 
 
 
844 aa  357  5e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.805016  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3245  ABC lysophospholipase exporter, fused innermembrane subunits, FtsX  30.89 
 
 
860 aa  350  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0898  hypothetical protein  30.54 
 
 
851 aa  344  2.9999999999999997e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2957  hypothetical protein  28.12 
 
 
810 aa  343  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.133946  normal  0.10767 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0287  predicted permease  27.63 
 
 
815 aa  342  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0846  hypothetical protein  30.25 
 
 
858 aa  334  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1068  hypothetical protein  27.98 
 
 
832 aa  333  8e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.105471  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0998  hypothetical protein  29.35 
 
 
863 aa  333  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0792753  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1029  hypothetical protein  29.02 
 
 
869 aa  331  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2465  protein of unknown function DUF214  29.47 
 
 
840 aa  329  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0205544  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1668  hypothetical protein  29.25 
 
 
871 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2280  hypothetical protein  29.25 
 
 
871 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0008  protein of unknown function DUF214  30.74 
 
 
836 aa  327  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2303  hypothetical protein  29.25 
 
 
871 aa  327  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0722  hypothetical protein  27.98 
 
 
815 aa  326  1e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000480127  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1259  efflux ABC transporter, permease protein  29 
 
 
880 aa  325  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356208  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1400  putative permease  29 
 
 
1108 aa  323  7e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2318  hypothetical protein  29.63 
 
 
871 aa  323  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1602  hypothetical protein  30.06 
 
 
874 aa  321  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000566259 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1251  efflux ABC transporter, permease protein  28.77 
 
 
883 aa  321  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2196  hypothetical protein  29.54 
 
 
834 aa  322  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5607  hypothetical protein  29.06 
 
 
871 aa  320  7e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616708  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000166  predicted ABC-type transport system permease component  28.05 
 
 
818 aa  319  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0684  hypothetical protein  28.71 
 
 
829 aa  315  2.9999999999999996e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.852275  normal  0.517784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0810  putative transmembrane protein  31.13 
 
 
856 aa  313  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0944  hypothetical protein  28.91 
 
 
853 aa  309  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.69332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2015  hypothetical protein  29.84 
 
 
844 aa  308  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05800  hypothetical protein  27.22 
 
 
818 aa  307  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2618  hypothetical protein  29.67 
 
 
842 aa  307  6e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.855589  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2785  protein of unknown function DUF214  29.49 
 
 
857 aa  304  5.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.482364  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3458  hypothetical protein  29.49 
 
 
857 aa  303  8.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.840481  normal  0.470717 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>