More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3053 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.97 
 
 		 1197 aa  1471    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 1173 aa  2351    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  81.48 
 
 		 882 aa  1447    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  72.35 
 
 		 1173 aa  1658    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.34 
 
 		 1166 aa  1108    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  52.03 
 
 		 1165 aa  1105    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1796  hypothetical protein  80.26 
 
 		 242 aa  346  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.28 
 
 		 1032 aa  173  2e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.97 
 
 		 1032 aa  170  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  30.82 
 
 		 693 aa  152  4e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.98 
 
 		 1064 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  31.18 
 
 		 760 aa  150  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  29.09 
 
 		 729 aa  141  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.22 
 
 		 700 aa  141  7e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.37 
 
 		 694 aa  141  7e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  28.14 
 
 		 723 aa  140  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  28.51 
 
 		 712 aa  138  6.0000000000000005e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.36 
 
 		 739 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.83 
 
 		 791 aa  133  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3891  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  26.51 
 
 		 1216 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  26.75 
 
 		 726 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.61 
 
 		 799 aa  131  8.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.4 
 
 		 707 aa  129  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1207  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.16 
 
 		 662 aa  128  7e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000229661  hitchhiker  0.00000914405 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  28.43 
 
 		 727 aa  126  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  28.1 
 
 		 824 aa  126  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.95 
 
 		 707 aa  126  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0030  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.76 
 
 		 751 aa  125  4e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.95 
 
 		 747 aa  124  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.15 
 
 		 747 aa  124  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  27.41 
 
 		 808 aa  124  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.167802 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3380  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.36 
 
 		 1203 aa  123  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.94 
 
 		 707 aa  123  3e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.1 
 
 		 715 aa  122  6e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  28.5 
 
 		 799 aa  120  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  27.45 
 
 		 905 aa  120  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.2 
 
 		 746 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0326457 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30 
 
 		 785 aa  120  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.34 
 
 		 709 aa  119  3e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.54 
 
 		 803 aa  115  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  28.31 
 
 		 924 aa  115  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.95 
 
 		 780 aa  114  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.18 
 
 		 756 aa  112  4.0000000000000004e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0671  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.09 
 
 		 807 aa  111  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.44544  normal  0.434553 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.67 
 
 		 927 aa  110  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0285  putative DEAD/DEAH box helicase-like protein  24.1 
 
 		 1226 aa  110  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  27.21 
 
 		 926 aa  110  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18671  putative DNA helicase  28.2 
 
 		 927 aa  110  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  28.95 
 
 		 890 aa  110  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6720  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.84 
 
 		 1230 aa  107  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.12 
 
 		 1085 aa  107  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  25.63 
 
 		 1068 aa  107  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4464  DEAD/DEAH box helicase-like  25.51 
 
 		 1187 aa  106  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  27.13 
 
 		 908 aa  106  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  27.58 
 
 		 2152 aa  106  3e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  27.34 
 
 		 908 aa  106  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  26.38 
 
 		 2208 aa  105  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  28.27 
 
 		 889 aa  105  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1659  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.57 
 
 		 800 aa  104  8e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5115  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  25.36 
 
 		 1205 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  26.54 
 
 		 908 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  23.77 
 
 		 1051 aa  103  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  27.29 
 
 		 924 aa  103  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1206  DSH domain-containing protein  27.46 
 
 		 906 aa  103  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.612467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  25.96 
 
 		 908 aa  103  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  28.06 
 
 		 893 aa  102  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01550  RNA helicase, putative  23.82 
 
 		 1770 aa  101  6e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  26.36 
 
 		 1054 aa  101  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.36 
 
 		 1054 aa  101  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34768  predicted protein  26.2 
 
 		 874 aa  101  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0821301  normal  0.252993 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  25.78 
 
 		 2157 aa  101  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.63 
 
 		 706 aa  101  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50709  predicted protein  25.21 
 
 		 1055 aa  100  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.918381  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  26.65 
 
 		 1465 aa  99.4  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  27.14 
 
 		 872 aa  99.8  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2129  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.37 
 
 		 988 aa  99.8  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.65 
 
 		 1110 aa  99  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000467672 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.93 
 
 		 1265 aa  99  5e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0112  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.99 
 
 		 710 aa  98.6  6e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.757622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_50326  predicted protein  25.29 
 
 		 998 aa  98.6  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.455166  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1820  DSH domain-containing protein  26.95 
 
 		 904 aa  97.4  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.473261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.92 
 
 		 708 aa  97.4  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4708  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.05 
 
 		 1004 aa  97.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  26.71 
 
 		 1060 aa  97.1  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.630707 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2540  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.1 
 
 		 1318 aa  96.7  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_25  predicted protein  24.59 
 
 		 1589 aa  96.3  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54312  DNA-directed DNA polymerase  22.7 
 
 		 1942 aa  96.3  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.300419  normal  0.259296 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  26.56 
 
 		 1068 aa  95.9  4e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  26.06 
 
 		 1767 aa  95.5  5e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3576  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.56 
 
 		 1048 aa  93.6  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  26.38 
 
 		 855 aa  92.8  3e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.06 
 
 		 952 aa  92.8  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1218  DEAD/DEAH box helicase-like protein  27.01 
 
 		 1053 aa  92.4  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.853055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5856  putative nuclear exosomal RNA helicase MTR4 ; K01529  26.29 
 
 		 909 aa  92.4  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.918517 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0320  DSH domain protein  26.78 
 
 		 1003 aa  92.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.163283 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12127  ATP-dependent DNA helicase helY  27.19 
 
 		 906 aa  90.5  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.511305 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  25.75 
 
 		 842 aa  90.1  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.87 
 
 		 847 aa  90.1  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2283  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.16 
 
 		 1220 aa  89.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000268234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.03 
 
 		 1056 aa  89.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>