More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4464 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4464  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
1187 aa  2388    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3891  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  59.06 
 
 
1216 aa  1373    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3380  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.9 
 
 
1203 aa  1419    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5115  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.42 
 
 
1205 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0285  putative DEAD/DEAH box helicase-like protein  33.36 
 
 
1226 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2283  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.44 
 
 
1220 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000268234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  26.9 
 
 
1165 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.07 
 
 
1197 aa  115  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  25.51 
 
 
1173 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  27.04 
 
 
1173 aa  115  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.7 
 
 
1166 aa  113  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  23.89 
 
 
882 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.57 
 
 
1032 aa  103  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.54 
 
 
1032 aa  96.3  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.9 
 
 
715 aa  94.4  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  23.81 
 
 
760 aa  92.8  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  22.32 
 
 
1051 aa  91.7  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.06 
 
 
707 aa  89.4  3e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.22 
 
 
709 aa  85.9  0.000000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  25.85 
 
 
799 aa  84  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  25.71 
 
 
693 aa  82.4  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.18 
 
 
694 aa  82  0.00000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.71 
 
 
791 aa  81.3  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.66 
 
 
1064 aa  80.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.08 
 
 
799 aa  75.9  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  23.95 
 
 
723 aa  75.5  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  23.39 
 
 
712 aa  74.3  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  25.15 
 
 
1465 aa  73.2  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.64 
 
 
1085 aa  71.6  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  25.6 
 
 
893 aa  70.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3440  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.05 
 
 
929 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  36.27 
 
 
869 aa  70.5  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  25.21 
 
 
824 aa  70.1  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2373  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.29 
 
 
894 aa  69.7  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.385543  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  23.84 
 
 
2111 aa  69.7  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.33 
 
 
873 aa  68.2  0.0000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1872  DSH domain protein  31.54 
 
 
952 aa  67.4  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0864183 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  23.57 
 
 
1767 aa  67.8  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.43 
 
 
700 aa  67.8  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0173  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.54 
 
 
856 aa  67  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.114207  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0855  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.91 
 
 
863 aa  67.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252083  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1293  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.4 
 
 
1523 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.193705 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.16 
 
 
1514 aa  67  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0582362  normal  0.286828 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0859  dead/deah box helicase domain protein  23.91 
 
 
863 aa  67.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000405293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1820  DSH domain-containing protein  31.79 
 
 
904 aa  66.6  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.473261  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1444  helicase domain protein  35.64 
 
 
885 aa  66.2  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1267  DEAD/H associated  30.99 
 
 
1523 aa  66.2  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1284  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.99 
 
 
1523 aa  66.2  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.148383 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11250  superfamily II RNA helicase  35.64 
 
 
877 aa  65.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.303042  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.69 
 
 
739 aa  65.9  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16000  superfamily II RNA helicase  38.64 
 
 
961 aa  65.1  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0348006  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1183  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.31 
 
 
866 aa  65.1  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195641  normal  0.316111 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.64 
 
 
838 aa  64.7  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.54 
 
 
950 aa  64.7  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.459724  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35 
 
 
1231 aa  64.7  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.664883 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1777  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.31 
 
 
981 aa  64.3  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.147105  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1716  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.64 
 
 
836 aa  63.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64793  hitchhiker  0.00121267 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.89 
 
 
707 aa  63.9  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.31 
 
 
832 aa  63.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17865  normal  0.487568 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1453  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.66 
 
 
869 aa  63.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.115515  normal  0.268809 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4778  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.66 
 
 
861 aa  63.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.66 
 
 
847 aa  63.5  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1517  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.7 
 
 
950 aa  63.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.729212  normal  0.376472 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0793  DEAD/DEAH box helicase  31.2 
 
 
877 aa  63.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.575248 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1765  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  32.56 
 
 
947 aa  63.2  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.65 
 
 
847 aa  63.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18500  superfamily II RNA helicase  35.16 
 
 
972 aa  63.2  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00038205  normal  0.0935996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.66 
 
 
827 aa  62.8  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.89 
 
 
707 aa  63.2  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2074  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.65 
 
 
848 aa  62.8  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2490  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.06 
 
 
865 aa  62.8  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.33618  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.64 
 
 
780 aa  62.8  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  32.67 
 
 
842 aa  62.8  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.2 
 
 
996 aa  62  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.462314  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.82 
 
 
922 aa  62  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.983336  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2256  DSH domain-containing protein  33.82 
 
 
935 aa  62  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.765389 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1206  DSH domain-containing protein  34.01 
 
 
906 aa  61.6  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.612467  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2321  DSH domain protein  30.57 
 
 
916 aa  61.6  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000521506  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.66 
 
 
950 aa  61.6  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1802  DEAD/H associated domain protein  33.92 
 
 
1544 aa  61.6  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0257988  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4867  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.21 
 
 
990 aa  61.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1019  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.67 
 
 
837 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  32.35 
 
 
855 aa  60.8  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.43 
 
 
921 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.215592 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  34.23 
 
 
885 aa  60.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5640  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.67 
 
 
852 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2476  DEAD/DEAH box helicase-like protein  35.4 
 
 
918 aa  60.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5261  DEAD/DEAH box helicase-like protein  32.67 
 
 
852 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2513  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.4 
 
 
918 aa  60.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.701769 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14870  superfamily II RNA helicase  32.67 
 
 
860 aa  61.2  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.217671  normal  0.750505 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0301  Lhr-like helicase  31.35 
 
 
1577 aa  60.8  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.610985  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.4 
 
 
918 aa  60.8  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120154  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5350  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.67 
 
 
852 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.67 
 
 
851 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247893  normal  0.727004 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  24.4 
 
 
908 aa  60.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  23.57 
 
 
890 aa  60.1  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2605  DSH-like  31.85 
 
 
1026 aa  60.1  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.022552  normal  0.122557 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0827  DEAD/DEAH box helicase  33.66 
 
 
842 aa  60.1  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4837  putative dead/deah box helicase domain protein  24.14 
 
 
849 aa  60.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.907663 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  37.78 
 
 
1060 aa  60.1  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.630707 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>