More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2256 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_18500  superfamily II RNA helicase  55.73 
 
 
972 aa  956    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00038205  normal  0.0935996 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1517  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.91 
 
 
950 aa  1006    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.729212  normal  0.376472 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.17 
 
 
921 aa  896    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.215592 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11980  superfamily II RNA helicase  50.21 
 
 
994 aa  823    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.35306  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2692  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.75 
 
 
951 aa  1027    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.517948  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2470  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.03 
 
 
932 aa  855    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.891699  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5856  putative nuclear exosomal RNA helicase MTR4 ; K01529  60.85 
 
 
909 aa  1059    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.918517 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1765  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  56.92 
 
 
947 aa  1011    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21930  superfamily II RNA helicase  62.32 
 
 
918 aa  1071    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0392753  normal  0.495503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16000  superfamily II RNA helicase  49.37 
 
 
961 aa  754    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0348006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.64 
 
 
919 aa  1132    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0976741  hitchhiker  0.00000193784 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1872  DSH domain protein  56.96 
 
 
952 aa  884    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0864183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4867  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.12 
 
 
990 aa  929    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335008 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1885  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.63 
 
 
931 aa  994    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49846  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  95.88 
 
 
922 aa  1653    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.983336  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2476  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.17 
 
 
918 aa  931    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12127  ATP-dependent DNA helicase helY  56.39 
 
 
906 aa  920    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.511305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.19 
 
 
996 aa  940    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.462314  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2321  DSH domain protein  61.27 
 
 
916 aa  1033    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000521506  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2185  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.46 
 
 
964 aa  917    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.510547  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2171  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.35 
 
 
917 aa  874    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.98 
 
 
984 aa  916    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000527696 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1206  DSH domain-containing protein  60.11 
 
 
906 aa  1001    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.612467  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1820  DSH domain-containing protein  60.97 
 
 
904 aa  1053    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.473261  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2656  DSH domain-containing protein  58.17 
 
 
936 aa  1006    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294225  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.16 
 
 
951 aa  1018    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.312521 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1777  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.42 
 
 
981 aa  972    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.147105  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.17 
 
 
918 aa  931    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120154  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3440  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.75 
 
 
929 aa  910    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2953  DSH domain protein  57.08 
 
 
940 aa  920    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000014502  hitchhiker  0.00117174 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2513  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.06 
 
 
918 aa  930    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.701769 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.59 
 
 
933 aa  902    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208331  normal  0.0647712 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.53 
 
 
950 aa  883    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.459724  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2256  DSH domain-containing protein  100 
 
 
935 aa  1864    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.765389 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14030  superfamily II RNA helicase  52.48 
 
 
953 aa  877    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00460424  normal  0.326096 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2605  DSH-like  57.01 
 
 
1026 aa  635  1e-180  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.022552  normal  0.122557 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0467  superfamily II RNA helicase  50.25 
 
 
863 aa  546  1e-154  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0793  DEAD/DEAH box helicase  48.79 
 
 
877 aa  534  1e-150  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.575248 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0918  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.2 
 
 
815 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  33.62 
 
 
889 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  34.61 
 
 
924 aa  405  1e-111  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  30.45 
 
 
908 aa  399  1e-109  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  35.05 
 
 
926 aa  395  1e-108  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  29.84 
 
 
908 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  32.4 
 
 
905 aa  395  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  29.51 
 
 
908 aa  392  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  34.78 
 
 
924 aa  391  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  30.19 
 
 
908 aa  388  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  32.58 
 
 
924 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1315  DSH domain protein  30.85 
 
 
967 aa  386  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1286  DSH domain protein  30.75 
 
 
967 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  44.62 
 
 
893 aa  382  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  32.83 
 
 
919 aa  378  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  31.96 
 
 
927 aa  375  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18671  putative DNA helicase  31.85 
 
 
927 aa  375  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  42.86 
 
 
890 aa  362  1e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50709  predicted protein  39.67 
 
 
1055 aa  355  2e-96  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.918381  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.89 
 
 
952 aa  355  2.9999999999999997e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  29.95 
 
 
872 aa  336  1e-90  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0320  DSH domain protein  28.4 
 
 
1003 aa  329  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.163283 
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  29.22 
 
 
1068 aa  328  4.0000000000000003e-88  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50379  predicted protein  30.08 
 
 
1023 aa  327  5e-88  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0819342  normal  0.0284916 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49799  predicted protein  27.99 
 
 
933 aa  313  1e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  37.1 
 
 
1068 aa  307  6e-82  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85287  predicted protein  36.04 
 
 
1239 aa  301  5e-80  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.793183 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_805  predicted protein  37.55 
 
 
1175 aa  297  5e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.260379  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_50326  predicted protein  30.17 
 
 
998 aa  296  9e-79  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.455166  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04412  ATP dependent RNA helicase (Dob1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07160)  35.47 
 
 
1073 aa  292  2e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3073  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.96 
 
 
762 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.650604  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.52 
 
 
843 aa  273  8.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1028  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.9 
 
 
709 aa  267  8.999999999999999e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3171  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.78 
 
 
817 aa  188  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.84372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29 
 
 
832 aa  185  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17865  normal  0.487568 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06007  DEAD/DEAH box RNA helicase (Ski2), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10000)  48.5 
 
 
1293 aa  185  4.0000000000000006e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02710  translation repressor, putative  48.28 
 
 
1185 aa  185  4.0000000000000006e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.708185  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  33.18 
 
 
869 aa  178  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.7 
 
 
861 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.400672  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.7 
 
 
861 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.12 
 
 
950 aa  176  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  30.43 
 
 
842 aa  175  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  32.56 
 
 
855 aa  175  3.9999999999999995e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.72 
 
 
873 aa  172  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0773  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.31 
 
 
835 aa  173  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3405  DEAD/DEAH box helicase-like  28.81 
 
 
861 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  33.1 
 
 
885 aa  169  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.37 
 
 
837 aa  169  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.164928  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.12 
 
 
847 aa  169  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.78 
 
 
845 aa  168  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5261  DEAD/DEAH box helicase-like protein  28.96 
 
 
852 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5350  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.96 
 
 
852 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.62 
 
 
1231 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.664883 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43406  predicted protein  46.3 
 
 
1209 aa  164  5.0000000000000005e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.738221  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2082  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.85 
 
 
424 aa  165  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.239089  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5640  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.79 
 
 
852 aa  164  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2334  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.92 
 
 
870 aa  162  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1019  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.29 
 
 
837 aa  161  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  29.84 
 
 
830 aa  160  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.29 
 
 
700 aa  145  3e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  28 
 
 
727 aa  137  7.000000000000001e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.21 
 
 
707 aa  134  5e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>