More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04059 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  37.8 
 
 
1051 aa  647    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
1085 aa  2218    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.11 
 
 
1054 aa  615  9.999999999999999e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  37.11 
 
 
1054 aa  615  9.999999999999999e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1218  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.01 
 
 
1053 aa  597  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.853055  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.7 
 
 
1056 aa  592  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  29.93 
 
 
729 aa  139  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0855  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.8 
 
 
863 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0859  dead/deah box helicase domain protein  26.8 
 
 
863 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000405293 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4837  putative dead/deah box helicase domain protein  26.34 
 
 
849 aa  122  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.907663 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.72 
 
 
1032 aa  115  3e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  28.67 
 
 
760 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.65 
 
 
709 aa  112  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  27.59 
 
 
712 aa  112  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  25.98 
 
 
2152 aa  110  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54312  DNA-directed DNA polymerase  24.74 
 
 
1942 aa  110  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.300419  normal  0.259296 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0030  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.11 
 
 
751 aa  109  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.88 
 
 
715 aa  109  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  26.07 
 
 
723 aa  109  4e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  24.32 
 
 
2157 aa  108  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  27.86 
 
 
1767 aa  107  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  27.12 
 
 
1173 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.96 
 
 
791 aa  107  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.92 
 
 
1032 aa  107  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  27.6 
 
 
1165 aa  107  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.65 
 
 
747 aa  107  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1207  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.12 
 
 
662 aa  106  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000229661  hitchhiker  0.00000914405 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05514  DEAD/DEAH box DNA helicase (Mer3), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13080)  26.45 
 
 
1385 aa  105  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.451829  normal  0.647308 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  27.89 
 
 
824 aa  105  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.05 
 
 
747 aa  105  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  28.4 
 
 
693 aa  105  7e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  26.62 
 
 
726 aa  105  7e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  27.02 
 
 
1173 aa  104  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.57 
 
 
746 aa  103  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0326457 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  25.18 
 
 
2208 aa  103  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  25.82 
 
 
1060 aa  103  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.630707 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.21 
 
 
1166 aa  103  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.23 
 
 
707 aa  102  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.46 
 
 
785 aa  101  7e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01550  RNA helicase, putative  23.37 
 
 
1770 aa  101  9e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  26.56 
 
 
799 aa  101  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.79 
 
 
803 aa  101  9e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.99 
 
 
1064 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.85 
 
 
799 aa  99  4e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  28.87 
 
 
727 aa  98.6  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.24 
 
 
1197 aa  98.6  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.68 
 
 
700 aa  97.8  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  25.83 
 
 
882 aa  97.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  25.23 
 
 
1465 aa  96.7  2e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.44 
 
 
707 aa  96.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.48 
 
 
756 aa  95.9  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  26.91 
 
 
905 aa  96.3  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0511  DEAD/DEAH box helicase  26.82 
 
 
869 aa  95.9  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396939  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  24.7 
 
 
2111 aa  95.1  7e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  25.81 
 
 
1068 aa  94  1e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1492  helicase domain protein  24.47 
 
 
758 aa  93.2  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.37 
 
 
739 aa  93.2  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_21388  predicted protein  24.17 
 
 
2189 aa  93.2  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0338841  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  25.79 
 
 
893 aa  92.8  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2074  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.93 
 
 
848 aa  92.4  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3383  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.29 
 
 
868 aa  92.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865687  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1821  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.37 
 
 
831 aa  91.7  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.68 
 
 
694 aa  90.9  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0773  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.7 
 
 
835 aa  90.9  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.86 
 
 
780 aa  91.3  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.23 
 
 
827 aa  90.1  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19790  superfamily II helicase  25.25 
 
 
852 aa  90.1  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.45 
 
 
707 aa  90.1  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  26.35 
 
 
808 aa  90.1  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.167802 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.53 
 
 
706 aa  90.5  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  27.87 
 
 
855 aa  89.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2129  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.35 
 
 
988 aa  89.4  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.59 
 
 
952 aa  89.4  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1019  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.43 
 
 
837 aa  89.4  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0827  DEAD/DEAH box helicase  25.98 
 
 
842 aa  89  5e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02482  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03070)  22.22 
 
 
2015 aa  88.6  6e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573711  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3891  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  22.73 
 
 
1216 aa  88.2  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  26.03 
 
 
838 aa  88.2  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.66 
 
 
847 aa  88.2  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1150  DEAD/DEAH box helicase-like  25.68 
 
 
858 aa  87.8  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.794218  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3380  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.65 
 
 
1203 aa  87.4  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5640  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.57 
 
 
852 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4778  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.17 
 
 
861 aa  86.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.97 
 
 
708 aa  86.7  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  26.35 
 
 
927 aa  86.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5261  DEAD/DEAH box helicase-like protein  26.57 
 
 
852 aa  86.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.87 
 
 
950 aa  86.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.57 
 
 
837 aa  86.3  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.164928  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5350  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.57 
 
 
852 aa  86.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.88 
 
 
847 aa  86.3  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.54 
 
 
832 aa  85.5  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.451486  normal  0.464159 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.99 
 
 
950 aa  85.5  0.000000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.459724  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_25  predicted protein  24.94 
 
 
1589 aa  85.5  0.000000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  26.7 
 
 
919 aa  85.1  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.13 
 
 
1265 aa  85.1  0.000000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  27.66 
 
 
924 aa  84.7  0.000000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  26.96 
 
 
926 aa  84.7  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  26.42 
 
 
885 aa  84.7  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  25.67 
 
 
830 aa  84.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.95 
 
 
873 aa  84.3  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>