More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2260 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_06920  superfamily II RNA helicase  56.07 
 
 		 891 aa  927    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.75 
 
 		 873 aa  959    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.52 
 
 		 1231 aa  1202    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.664883 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2373  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.09 
 
 		 894 aa  970    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.385543  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  62.56 
 
 		 869 aa  1027    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14870  superfamily II RNA helicase  50.6 
 
 		 860 aa  800    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.217671  normal  0.750505 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4778  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.92 
 
 		 861 aa  1064    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.63 
 
 		 837 aa  1171    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.164928  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  71.29 
 
 		 838 aa  1154    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1821  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.67 
 
 		 831 aa  1003    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.51 
 
 		 847 aa  1145    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.98 
 
 		 847 aa  1093    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.46 
 
 		 861 aa  717    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3405  DEAD/DEAH box helicase-like  47.62 
 
 		 861 aa  710    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 885 aa  1789    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3468  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.46 
 
 		 868 aa  729    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.132888 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1019  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.76 
 
 		 837 aa  1071    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.23 
 
 		 861 aa  711    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.400672  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.46 
 
 		 832 aa  1140    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.451486  normal  0.464159 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1444  helicase domain protein  58.78 
 
 		 885 aa  913    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0173  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.5 
 
 		 856 aa  1060    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.114207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5261  DEAD/DEAH box helicase-like protein  66.39 
 
 		 852 aa  1097    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1453  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.29 
 
 		 869 aa  834    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.115515  normal  0.268809 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2231  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.94 
 
 		 710 aa  852    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.588321  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18660  superfamily II RNA helicase  53.26 
 
 		 853 aa  856    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103147  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2074  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.71 
 
 		 848 aa  1142    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1183  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.07 
 
 		 866 aa  1023    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195641  normal  0.316111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3781  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.31 
 
 		 876 aa  756    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.485646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0827  DEAD/DEAH box helicase  52.7 
 
 		 842 aa  834    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  52.66 
 
 		 855 aa  833    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2490  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.57 
 
 		 865 aa  880    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.33618  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5350  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.39 
 
 		 852 aa  1097    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11250  superfamily II RNA helicase  59.15 
 
 		 877 aa  949    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.303042  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0470  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.19 
 
 		 853 aa  974    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191339  normal  0.0991802 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.9 
 
 		 851 aa  1067    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247893  normal  0.727004 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5640  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.75 
 
 		 852 aa  1096    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1716  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.19 
 
 		 836 aa  1176    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64793  hitchhiker  0.00121267 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0773  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.53 
 
 		 835 aa  1151    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  70.67 
 
 		 842 aa  1183    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.6 
 
 		 950 aa  1346    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  73.6 
 
 		 827 aa  1224    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  68.9 
 
 		 830 aa  1181    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2334  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.68 
 
 		 870 aa  1217    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.87 
 
 		 832 aa  1072    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17865  normal  0.487568 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3171  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.59 
 
 		 817 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.84372 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33 
 
 		 845 aa  216  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  30.09 
 
 		 908 aa  205  4e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  34.81 
 
 		 889 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  32.82 
 
 		 893 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  32.47 
 
 		 908 aa  197  9e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.57 
 
 		 952 aa  197  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50709  predicted protein  30.12 
 
 		 1055 aa  196  1e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.918381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  32.22 
 
 		 908 aa  196  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  31.97 
 
 		 890 aa  195  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  31.96 
 
 		 908 aa  194  7e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3073  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.71 
 
 		 762 aa  189  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.650604  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  31.09 
 
 		 926 aa  187  6e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  30.3 
 
 		 924 aa  187  9e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  30.57 
 
 		 905 aa  186  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.11 
 
 		 919 aa  185  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0976741  hitchhiker  0.00000193784 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  29.98 
 
 		 924 aa  185  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  30.87 
 
 		 924 aa  184  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18671  putative DNA helicase  28.48 
 
 		 927 aa  184  6e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.26 
 
 		 927 aa  184  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  30.54 
 
 		 919 aa  183  2e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  28.29 
 
 		 872 aa  183  2e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0918  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.66 
 
 		 815 aa  181  4.999999999999999e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.28 
 
 		 922 aa  179  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.983336  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_50326  predicted protein  27.27 
 
 		 998 aa  176  1.9999999999999998e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.455166  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2256  DSH domain-containing protein  33.1 
 
 		 935 aa  174  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.765389 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5856  putative nuclear exosomal RNA helicase MTR4 ; K01529  32.65 
 
 		 909 aa  172  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.918517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.11 
 
 		 921 aa  168  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.215592 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.02 
 
 		 843 aa  167  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2476  DEAD/DEAH box helicase-like protein  32.49 
 
 		 918 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.49 
 
 		 918 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2513  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.49 
 
 		 918 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.701769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.66 
 
 		 996 aa  162  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.462314  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1028  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.49 
 
 		 709 aa  160  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21930  superfamily II RNA helicase  28.57 
 
 		 918 aa  154  5e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0392753  normal  0.495503 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0320  DSH domain protein  27.09 
 
 		 1003 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.163283 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0221  helicase domain protein  30.93 
 
 		 548 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.447634  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  31.44 
 
 		 693 aa  139  2e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  30.42 
 
 		 723 aa  139  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4867  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.03 
 
 		 990 aa  137  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.335008 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  28.75 
 
 		 727 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.29 
 
 		 694 aa  135  3e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.51 
 
 		 708 aa  135  3e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11980  superfamily II RNA helicase  44.44 
 
 		 994 aa  135  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.35306  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  27.93 
 
 		 799 aa  134  6.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  28.45 
 
 		 824 aa  134  7.999999999999999e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0112  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 		 710 aa  134  9e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.757622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.41 
 
 		 799 aa  134  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  28.76 
 
 		 760 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.51 
 
 		 706 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  32.3 
 
 		 712 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.42 
 
 		 791 aa  133  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14030  superfamily II RNA helicase  42.55 
 
 		 953 aa  132  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00460424  normal  0.326096 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0793  DEAD/DEAH box helicase  39.11 
 
 		 877 aa  130  8.000000000000001e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.575248 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.21 
 
 		 984 aa  130  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000527696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2692  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.86 
 
 		 951 aa  129  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.517948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>