More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3630 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  72.35 
 
 		 1173 aa  1636    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  71.62 
 
 		 882 aa  1259    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 1173 aa  2346    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.69 
 
 		 1197 aa  1471    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.06 
 
 		 1166 aa  1156    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  51.1 
 
 		 1165 aa  1105    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1796  hypothetical protein  68.67 
 
 		 242 aa  293  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  31.65 
 
 		 693 aa  157  1e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  28.96 
 
 		 760 aa  149  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.84 
 
 		 1032 aa  148  5e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  29.79 
 
 		 723 aa  147  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.55 
 
 		 1032 aa  142  3.9999999999999997e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  28.64 
 
 		 729 aa  141  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.59 
 
 		 694 aa  140  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3891  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  25.55 
 
 		 1216 aa  137  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.65 
 
 		 1064 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  29.13 
 
 		 824 aa  134  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.88 
 
 		 700 aa  134  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.4 
 
 		 791 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0030  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.76 
 
 		 751 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  28.06 
 
 		 712 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  29.41 
 
 		 727 aa  129  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.25 
 
 		 799 aa  129  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  29.18 
 
 		 799 aa  129  4.0000000000000003e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.93 
 
 		 739 aa  129  4.0000000000000003e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3380  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.64 
 
 		 1203 aa  127  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.35 
 
 		 747 aa  127  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.21 
 
 		 747 aa  124  8e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.38 
 
 		 707 aa  124  9e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.17 
 
 		 709 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.82 
 
 		 707 aa  122  3e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.99 
 
 		 746 aa  122  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0326457 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  26.62 
 
 		 808 aa  122  6e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.167802 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.8 
 
 		 715 aa  121  7e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.35 
 
 		 707 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  28.41 
 
 		 890 aa  119  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  27.59 
 
 		 905 aa  118  5e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  27.44 
 
 		 726 aa  118  6.9999999999999995e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.57 
 
 		 756 aa  117  8.999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1207  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.57 
 
 		 662 aa  117  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000229661  hitchhiker  0.00000914405 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  28.81 
 
 		 924 aa  117  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  27.59 
 
 		 924 aa  114  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  27.82 
 
 		 908 aa  114  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  28.04 
 
 		 926 aa  113  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  27.92 
 
 		 908 aa  113  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  27.4 
 
 		 908 aa  114  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  27.65 
 
 		 908 aa  113  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  26.92 
 
 		 927 aa  113  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 893 aa  112  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18671  putative DNA helicase  28.34 
 
 		 927 aa  112  5e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  26.55 
 
 		 1068 aa  111  7.000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0285  putative DEAD/DEAH box helicase-like protein  24.78 
 
 		 1226 aa  111  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.83 
 
 		 785 aa  111  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  27.55 
 
 		 924 aa  108  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.81 
 
 		 803 aa  108  8e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  27.25 
 
 		 2208 aa  106  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4464  DEAD/DEAH box helicase-like  27.04 
 
 		 1187 aa  105  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  27.51 
 
 		 2152 aa  104  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2283  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.54 
 
 		 1220 aa  104  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000268234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.02 
 
 		 1085 aa  104  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.35 
 
 		 1054 aa  104  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  27.35 
 
 		 1054 aa  104  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5115  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  24.02 
 
 		 1205 aa  103  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6720  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.8 
 
 		 1230 aa  103  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0671  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.14 
 
 		 807 aa  102  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.44544  normal  0.434553 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.65 
 
 		 1265 aa  102  5e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04412  ATP dependent RNA helicase (Dob1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07160)  25.65 
 
 		 1073 aa  102  6e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  26.39 
 
 		 1465 aa  101  8e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  25.12 
 
 		 1051 aa  101  9e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  25.84 
 
 		 1068 aa  101  9e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.29 
 
 		 780 aa  100  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  25.36 
 
 		 872 aa  100  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1820  DSH domain-containing protein  27.84 
 
 		 904 aa  100  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.473261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2129  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.67 
 
 		 988 aa  99.8  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5856  putative nuclear exosomal RNA helicase MTR4 ; K01529  27.75 
 
 		 909 aa  99.8  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.918517 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  28.57 
 
 		 2111 aa  99.4  4e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_25  predicted protein  24.55 
 
 		 1589 aa  99  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_21388  predicted protein  27.06 
 
 		 2189 aa  98.2  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0338841  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  26.45 
 
 		 2157 aa  98.2  7e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34768  predicted protein  25.06 
 
 		 874 aa  98.2  7e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0821301  normal  0.252993 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  26.31 
 
 		 1060 aa  97.4  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.630707 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01550  RNA helicase, putative  23.65 
 
 		 1770 aa  97.1  2e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50709  predicted protein  25.73 
 
 		 1055 aa  96.3  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.918381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1659  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.91 
 
 		 800 aa  96.3  3e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.03 
 
 		 1110 aa  95.9  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000467672 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.17 
 
 		 706 aa  95.9  4e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  25.59 
 
 		 889 aa  95.5  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2476  DEAD/DEAH box helicase-like protein  26.19 
 
 		 918 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.19 
 
 		 918 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3576  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26 
 
 		 1048 aa  95.1  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2513  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.19 
 
 		 918 aa  95.1  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.701769 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.48 
 
 		 708 aa  94.7  8e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.15 
 
 		 1056 aa  94.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1206  DSH domain-containing protein  29.37 
 
 		 906 aa  94.4  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.612467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.3 
 
 		 996 aa  93.2  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.462314  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0112  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.13 
 
 		 710 aa  92.8  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.757622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21930  superfamily II RNA helicase  26.53 
 
 		 918 aa  92  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0392753  normal  0.495503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3440  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.42 
 
 		 929 aa  92  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1286  DSH domain protein  25.68 
 
 		 967 aa  90.9  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12127  ATP-dependent DNA helicase helY  26.93 
 
 		 906 aa  90.5  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.511305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>