More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1187 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  47.06 
 
 
1051 aa  926    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1218  DEAD/DEAH box helicase-like protein  80.4 
 
 
1053 aa  1723    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.853055  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  76.87 
 
 
1054 aa  1674    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  76.87 
 
 
1054 aa  1674    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
1056 aa  2137    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.81 
 
 
1085 aa  623  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  26.49 
 
 
799 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  28.09 
 
 
693 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.71 
 
 
709 aa  122  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  25.5 
 
 
760 aa  118  5e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0030  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.42 
 
 
751 aa  117  8.999999999999998e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  27.45 
 
 
729 aa  117  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.68 
 
 
1032 aa  117  1.0000000000000001e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  29.13 
 
 
824 aa  117  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  27.33 
 
 
712 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30 
 
 
791 aa  115  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.68 
 
 
747 aa  115  6e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.24 
 
 
1197 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.65 
 
 
747 aa  112  5e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.49 
 
 
803 aa  111  7.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.21 
 
 
739 aa  111  9.000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.76 
 
 
785 aa  110  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1659  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.74 
 
 
800 aa  110  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.3 
 
 
746 aa  110  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0326457 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  25.16 
 
 
2152 aa  110  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.46 
 
 
799 aa  110  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  26.15 
 
 
726 aa  110  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  28.43 
 
 
1173 aa  109  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.72 
 
 
694 aa  108  4e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  27.03 
 
 
723 aa  108  4e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.29 
 
 
1032 aa  108  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.89 
 
 
715 aa  108  6e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  27.6 
 
 
1465 aa  108  7e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  27.97 
 
 
1767 aa  106  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  26.02 
 
 
727 aa  106  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3383  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.85 
 
 
868 aa  107  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865687  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.32 
 
 
707 aa  105  4e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.81 
 
 
780 aa  105  4e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.91 
 
 
756 aa  105  6e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  26.93 
 
 
1173 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.06 
 
 
707 aa  102  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  26.58 
 
 
1165 aa  101  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4837  putative dead/deah box helicase domain protein  25.93 
 
 
849 aa  101  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.907663 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  25.42 
 
 
2208 aa  100  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1150  DEAD/DEAH box helicase-like  25.92 
 
 
858 aa  99.8  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.794218  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.52 
 
 
1064 aa  99.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  24.61 
 
 
882 aa  98.6  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2283  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.67 
 
 
1220 aa  98.6  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000268234 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.2 
 
 
1166 aa  98.6  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04412  ATP dependent RNA helicase (Dob1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07160)  25.34 
 
 
1073 aa  98.2  8e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54312  DNA-directed DNA polymerase  25.57 
 
 
1942 aa  97.8  9e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.300419  normal  0.259296 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  26.08 
 
 
1060 aa  97.1  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.630707 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49799  predicted protein  25 
 
 
933 aa  96.7  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  25.21 
 
 
1068 aa  95.9  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.74 
 
 
707 aa  96.3  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  26.2 
 
 
2111 aa  96.3  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.41 
 
 
952 aa  95.9  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0511  DEAD/DEAH box helicase  27.16 
 
 
869 aa  95.5  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396939  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1207  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.92 
 
 
662 aa  94.7  7e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000229661  hitchhiker  0.00000914405 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  25.74 
 
 
2157 aa  93.6  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.41 
 
 
843 aa  92.4  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  25.73 
 
 
1068 aa  92  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  28.05 
 
 
808 aa  91.3  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.167802 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02482  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03070)  25.12 
 
 
2015 aa  90.1  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573711  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5115  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  25.24 
 
 
1205 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19790  superfamily II helicase  25.4 
 
 
852 aa  88.6  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3468  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.15 
 
 
868 aa  88.6  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.132888 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  26.44 
 
 
905 aa  87.8  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34768  predicted protein  23.33 
 
 
874 aa  87.4  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0821301  normal  0.252993 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0112  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.29 
 
 
710 aa  87  0.000000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.757622  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  26.47 
 
 
889 aa  87  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.02 
 
 
1265 aa  87  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.48 
 
 
706 aa  86.3  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05514  DEAD/DEAH box DNA helicase (Mer3), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13080)  23.71 
 
 
1385 aa  85.9  0.000000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.451829  normal  0.647308 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  27.01 
 
 
924 aa  85.5  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01550  RNA helicase, putative  24.36 
 
 
1770 aa  84.7  0.000000000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.89 
 
 
873 aa  84  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_25  predicted protein  26.23 
 
 
1589 aa  83.6  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3595  ATP-dependent DNA helicase  34.04 
 
 
825 aa  83.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0142598 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3112  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  22.19 
 
 
828 aa  83.6  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.471561 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.25 
 
 
708 aa  82.8  0.00000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  25.17 
 
 
924 aa  82  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.36 
 
 
845 aa  82  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.78 
 
 
700 aa  82  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.96 
 
 
856 aa  81.6  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00467654  normal  0.444529 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0285  putative DEAD/DEAH box helicase-like protein  26.75 
 
 
1226 aa  81.3  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  24.71 
 
 
908 aa  81.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  25.18 
 
 
919 aa  80.5  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3405  DEAD/DEAH box helicase-like  25.99 
 
 
861 aa  81.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2902  Type III restriction enzyme, res subunit  25.23 
 
 
893 aa  79.7  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000284094 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  24.94 
 
 
908 aa  80.1  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.29 
 
 
657 aa  80.5  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.000404908 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  25.12 
 
 
908 aa  80.1  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2373  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.19 
 
 
894 aa  79  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.385543  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1183  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.04 
 
 
866 aa  79  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195641  normal  0.316111 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.32 
 
 
847 aa  78.6  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3576  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.82 
 
 
1048 aa  78.6  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4420  DSH domain-containing protein  24.32 
 
 
890 aa  78.6  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0111717  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2656  DSH domain-containing protein  24.88 
 
 
936 aa  78.2  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294225  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  25 
 
 
927 aa  77.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>