More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3008 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3008  type II secretion system protein  100 
 
 		 403 aa  803    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.314245 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0740  type II secretion system protein  63.28 
 
 		 403 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0911  type II secretion system protein  60.15 
 
 		 404 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.544826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1279  general secretion pathway protein F  59.55 
 
 		 403 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2612  putative general secretion pathway protein F  60.93 
 
 		 389 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2108  type II secretion system protein  58.91 
 
 		 403 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.261804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2022  type II secretion system protein  36.32 
 
 		 403 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.253546  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1793  type II secretion system protein  37.13 
 
 		 405 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  27.97 
 
 		 406 aa  184  3e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2894  general secretion pathway protein F  30.64 
 
 		 410 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.196755  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  30.19 
 
 		 408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1585  type II secretion system protein  32.34 
 
 		 398 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0451652 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02677  general secretion pathway protein F  30.88 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.26 
 
 		 408 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  26.94 
 
 		 405 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  27.87 
 
 		 422 aa  172  7.999999999999999e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 406 aa  172  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2090  type II secretion system protein  29.85 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0804302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  25.75 
 
 		 401 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  28.02 
 
 		 406 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  29.37 
 
 		 407 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  29.18 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  29.18 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  29.18 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  29.18 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  27.87 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  29.18 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  27.34 
 
 		 405 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  27.65 
 
 		 404 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  25.79 
 
 		 404 aa  166  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  30.42 
 
 		 417 aa  166  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  28.15 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18690  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 410 aa  166  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  28.99 
 
 		 419 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  29.57 
 
 		 463 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  29.57 
 
 		 463 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  27.23 
 
 		 410 aa  163  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  28.8 
 
 		 410 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2271  type II secretion system protein F  24.01 
 
 		 401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0547  type II secretion system protein  31.52 
 
 		 406 aa  163  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0476697 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1882  type II secretion system protein  25.86 
 
 		 403 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000492404  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  26.83 
 
 		 405 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  25.74 
 
 		 407 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0669  type II secretion system protein  28.01 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0398046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  26.1 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3879  type II secretion system protein  29.77 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  26.38 
 
 		 417 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  25.43 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  31.64 
 
 		 408 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4159  type II secretion system protein  27.17 
 
 		 427 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00287604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2182  general secretion pathway protein F  27.79 
 
 		 399 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  32.03 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  25.49 
 
 		 409 aa  159  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  27.43 
 
 		 406 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  31.94 
 
 		 403 aa  159  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  29.34 
 
 		 405 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2569  type II secretion system protein F  23.5 
 
 		 401 aa  159  8e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  28.05 
 
 		 420 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 407 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  30.37 
 
 		 405 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  27.07 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  29.07 
 
 		 419 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  27.07 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  26.32 
 
 		 403 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.72 
 
 		 402 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.04 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  29.93 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  27.87 
 
 		 403 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  28.61 
 
 		 422 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  27.01 
 
 		 406 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  28.12 
 
 		 406 aa  157  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  31.54 
 
 		 403 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2560  type II secretion system protein  24.62 
 
 		 403 aa  156  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  27.3 
 
 		 421 aa  156  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  26.84 
 
 		 406 aa  156  7e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.88 
 
 		 423 aa  155  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  26.58 
 
 		 406 aa  155  9e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  26.34 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1164  type II secretion system protein  31.56 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.754392  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3343  type II secretion system protein  25.6 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.505202  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1105  type II secretion system protein  26.24 
 
 		 404 aa  155  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0187302  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.41 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  30.91 
 
 		 412 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  25.63 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  26.99 
 
 		 407 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  31.99 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  30.41 
 
 		 405 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  28.54 
 
 		 421 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  27.09 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  25.63 
 
 		 417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  28.12 
 
 		 423 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4184  type II secretion system protein  26.39 
 
 		 404 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.130479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>