More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0911 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0911  type II secretion system protein  100 
 
 		 404 aa  793    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.544826 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3008  type II secretion system protein  60.69 
 
 		 403 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.314245 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0740  type II secretion system protein  58.66 
 
 		 403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1279  general secretion pathway protein F  56.44 
 
 		 403 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2108  type II secretion system protein  58.42 
 
 		 403 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.261804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2612  putative general secretion pathway protein F  53.98 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2022  type II secretion system protein  35.41 
 
 		 403 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.253546  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1793  type II secretion system protein  34.16 
 
 		 405 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2894  general secretion pathway protein F  31.14 
 
 		 410 aa  183  6e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.196755  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  30.86 
 
 		 404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  27.57 
 
 		 401 aa  173  5.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1585  type II secretion system protein  32.03 
 
 		 398 aa  172  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0451652 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  32.1 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  28.12 
 
 		 408 aa  169  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 409 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  27.83 
 
 		 422 aa  167  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  29.4 
 
 		 404 aa  167  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  30.84 
 
 		 419 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  26.72 
 
 		 406 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  32.18 
 
 		 403 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  28.86 
 
 		 406 aa  165  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2090  type II secretion system protein  30.98 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0804302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  30.94 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  32.35 
 
 		 403 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02677  general secretion pathway protein F  28.43 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  32.51 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  28.29 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  28.57 
 
 		 406 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  28.61 
 
 		 407 aa  159  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  28.61 
 
 		 407 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  30.88 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  30.21 
 
 		 463 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  29.91 
 
 		 463 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.41 
 
 		 405 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  27.87 
 
 		 408 aa  158  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  26.42 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  30.88 
 
 		 405 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  26.54 
 
 		 407 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  29.8 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  28.64 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  29.06 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  27.07 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  28.14 
 
 		 405 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  27.9 
 
 		 405 aa  155  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  28.33 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  28.33 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  28.33 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  28.33 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  28.33 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  27.07 
 
 		 403 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  25.85 
 
 		 405 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  28.61 
 
 		 419 aa  153  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  29.63 
 
 		 417 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.1 
 
 		 419 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1409  type II secretion system protein  26.16 
 
 		 405 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205741  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2560  type II secretion system protein  24.25 
 
 		 403 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  25.55 
 
 		 406 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  25.99 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.03 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  26.41 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  28.09 
 
 		 422 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  26.73 
 
 		 409 aa  151  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.85 
 
 		 423 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  27.3 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1045  general secretion pathway protein F  29.23 
 
 		 409 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  29.9 
 
 		 412 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  29.34 
 
 		 405 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  28.22 
 
 		 422 aa  150  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  29.21 
 
 		 405 aa  150  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  29.78 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  29.78 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  29.78 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  29.78 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  26.84 
 
 		 417 aa  149  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  28.64 
 
 		 401 aa  149  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  25.84 
 
 		 405 aa  149  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  27.48 
 
 		 399 aa  149  8e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18690  type II secretion system protein  24.75 
 
 		 410 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  28.99 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  28.99 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3086  type II secretion system protein  30.43 
 
 		 439 aa  149  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28630  Type II secretion system protein F  29.2 
 
 		 396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  27.85 
 
 		 421 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2182  general secretion pathway protein F  28.11 
 
 		 399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  28.99 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 417 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  27.88 
 
 		 407 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  26 
 
 		 406 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 423 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.99 
 
 		 402 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>