More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_0354 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.14 
 
 		 1407 aa  654    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.23 
 
 		 1407 aa  654    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.55 
 
 		 1396 aa  651    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3450  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.74 
 
 		 1412 aa  663    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.889451  normal  0.177974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.33 
 
 		 1399 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002950  PG0395  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.2 
 
 		 1433 aa  644    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2420  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.01 
 
 		 1424 aa  647    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00279093  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.74 
 
 		 1207 aa  649    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.59 
 
 		 1409 aa  648    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.59 
 
 		 1203 aa  656    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.81 
 
 		 1406 aa  655    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.69 
 
 		 1517 aa  660    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.36 
 
 		 1216 aa  655    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.75 
 
 		 1400 aa  650    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.07 
 
 		 1405 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.77 
 
 		 1399 aa  659    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.74 
 
 		 1203 aa  659    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.38 
 
 		 1203 aa  655    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.59 
 
 		 1203 aa  656    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4464  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.86 
 
 		 1405 aa  647    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.19 
 
 		 1401 aa  663    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.05 
 
 		 1401 aa  662    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.77 
 
 		 1399 aa  658    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00020  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  47.27 
 
 		 1435 aa  644    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47 
 
 		 1403 aa  646    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2653  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.17 
 
 		 1291 aa  662    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229065  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.04 
 
 		 1415 aa  645    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.55 
 
 		 1398 aa  651    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1951  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.61 
 
 		 1388 aa  644    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.340871  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0461  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.42 
 
 		 1690 aa  1498    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.62 
 
 		 1403 aa  646    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.61 
 
 		 1399 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  49.58 
 
 		 1396 aa  660    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3440  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.75 
 
 		 1414 aa  641    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.19828  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  45.11 
 
 		 1392 aa  675    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  48.38 
 
 		 1386 aa  657    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.52 
 
 		 1408 aa  640    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.74 
 
 		 1194 aa  660    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0354  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  48 
 
 		 1503 aa  645    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.58 
 
 		 1408 aa  650    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  46.23 
 
 		 1393 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.54 
 
 		 1164 aa  729    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3075  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.16 
 
 		 1412 aa  636    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  48 
 
 		 1394 aa  650    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0574  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.15 
 
 		 1295 aa  649    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.73 
 
 		 1400 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.21 
 
 		 1427 aa  648    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2725  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.51 
 
 		 1165 aa  699    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0213072  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1944  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.49 
 
 		 1436 aa  652    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0198  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.91 
 
 		 1407 aa  649    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.329486  normal  0.063927 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.35 
 
 		 1409 aa  668    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0572  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.68 
 
 		 1403 aa  648    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.04 
 
 		 1412 aa  640    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.75 
 
 		 1410 aa  657    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46 
 
 		 1400 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0510  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.69 
 
 		 1517 aa  660    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.619744  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5080  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.86 
 
 		 1399 aa  643    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.551229  normal  0.0734201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.04 
 
 		 1413 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.13 
 
 		 1408 aa  639    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  47.55 
 
 		 1445 aa  670    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0566  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.92 
 
 		 1207 aa  649    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.218097  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.88 
 
 		 1427 aa  645    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.62 
 
 		 1413 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0208  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.28 
 
 		 1185 aa  734    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00134006  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.11 
 
 		 1295 aa  661    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.1 
 
 		 1395 aa  662    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1818  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.65 
 
 		 1399 aa  640    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.55 
 
 		 1178 aa  718    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.55 
 
 		 1178 aa  718    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.99 
 
 		 1420 aa  648    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.99 
 
 		 1405 aa  653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.99 
 
 		 1405 aa  653    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.57 
 
 		 1426 aa  642    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.75 
 
 		 1408 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.66 
 
 		 1181 aa  682    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.84 
 
 		 1405 aa  655    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.44 
 
 		 1413 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.88 
 
 		 1399 aa  653    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.3 
 
 		 1207 aa  659    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.96 
 
 		 1233 aa  643    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.45 
 
 		 1223 aa  643    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1844  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.11 
 
 		 1212 aa  647    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2983  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.08 
 
 		 1299 aa  639    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.62 
 
 		 1413 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.08 
 
 		 1351 aa  667    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.84 
 
 		 1412 aa  650    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.13 
 
 		 1405 aa  653    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.85 
 
 		 1304 aa  677    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.66 
 
 		 1508 aa  651    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.76 
 
 		 1409 aa  680    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.95 
 
 		 1402 aa  643    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0676703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.16 
 
 		 1290 aa  669    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.33 
 
 		 1404 aa  656    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0152  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.87 
 
 		 1404 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.10614  decreased coverage  0.000115392 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1062  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.15 
 
 		 1377 aa  669    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00183724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3915  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.97 
 
 		 1399 aa  663    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0713  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.95 
 
 		 1404 aa  637    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0438  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.06 
 
 		 1385 aa  650    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.58 
 
 		 1411 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3765  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.34 
 
 		 1405 aa  650    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00574145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>