More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0461 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.99 
 
 		 1407 aa  653    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  44.99 
 
 		 1407 aa  653    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3450  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.13 
 
 		 1412 aa  638    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.889451  normal  0.177974 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1264  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.44 
 
 		 1504 aa  687    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1399 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.49 
 
 		 1413 aa  637    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209696  normal  0.0673015 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2420  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  37 
 
 		 1424 aa  695    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00279093  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2725  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50 
 
 		 1165 aa  722    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0213072  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.72 
 
 		 1400 aa  656    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4323  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.88 
 
 		 1405 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000946538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.88 
 
 		 1203 aa  649    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.29 
 
 		 1406 aa  647    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.03 
 
 		 1517 aa  645    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0354  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.66 
 
 		 1643 aa  1423    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0510  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.03 
 
 		 1517 aa  646    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.619744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.16 
 
 		 1405 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.05 
 
 		 1399 aa  646    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.01 
 
 		 1203 aa  655    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.88 
 
 		 1203 aa  649    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.88 
 
 		 1203 aa  649    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.1 
 
 		 1204 aa  658    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00687501  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.78 
 
 		 1401 aa  658    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.65 
 
 		 1401 aa  655    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1399 aa  646    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5080  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.21 
 
 		 1399 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.551229  normal  0.0734201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.75 
 
 		 1403 aa  649    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2653  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.14 
 
 		 1291 aa  650    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229065  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00020  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  46.64 
 
 		 1435 aa  641    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.31 
 
 		 1398 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2220  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.41 
 
 		 1395 aa  665    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.99768  hitchhiker  0.00360343 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.99 
 
 		 1407 aa  653    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.18 
 
 		 1403 aa  655    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1399 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.48 
 
 		 1408 aa  646    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00498155 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  48.09 
 
 		 1396 aa  665    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0501  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  62.25 
 
 		 1649 aa  2132    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.68 
 
 		 1414 aa  640    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.115495  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  47.56 
 
 		 1392 aa  674    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  48.36 
 
 		 1386 aa  651    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0178  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.9 
 
 		 1404 aa  667    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.273104  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.01 
 
 		 1194 aa  655    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4464  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.48 
 
 		 1405 aa  660    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.79 
 
 		 1408 aa  641    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1781  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  60.09 
 
 		 1650 aa  2058    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.496749  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.21 
 
 		 1164 aa  726    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0242  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  43.72 
 
 		 1543 aa  653    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  47.81 
 
 		 1394 aa  664    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0831  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.12 
 
 		 1399 aa  655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.07 
 
 		 1400 aa  639    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0208  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.5 
 
 		 1185 aa  723    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00134006  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0152  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.75 
 
 		 1404 aa  664    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.10614  decreased coverage  0.000115392 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1062  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.59 
 
 		 1377 aa  670    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00183724  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.87 
 
 		 1409 aa  676    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2731  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.36 
 
 		 1401 aa  645    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.49 
 
 		 1412 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.18 
 
 		 1410 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.35 
 
 		 1400 aa  643    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.95 
 
 		 1453 aa  642    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.213662  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0461  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  100 
 
 		 1690 aa  3445    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.54 
 
 		 1413 aa  639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.91 
 
 		 1408 aa  647    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  46 
 
 		 1445 aa  644    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0635  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  40.87 
 
 		 1537 aa  824    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0235  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.61 
 
 		 1410 aa  640    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0585906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0481  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1399 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0306779 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4529  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.99 
 
 		 1407 aa  653    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.59 
 
 		 1295 aa  660    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.76 
 
 		 1395 aa  665    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3168  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.38 
 
 		 1438 aa  636    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.34 
 
 		 1178 aa  713    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.34 
 
 		 1178 aa  713    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.29 
 
 		 1420 aa  654    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.42 
 
 		 1405 aa  665    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.42 
 
 		 1405 aa  665    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1426 aa  649    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.57 
 
 		 1408 aa  653    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.45 
 
 		 1181 aa  699    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1597  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.54 
 
 		 1502 aa  692    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0175  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.6 
 
 		 1504 aa  658    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.494041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.26 
 
 		 1399 aa  655    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3765  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.9 
 
 		 1405 aa  659    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00574145  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0198  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.48 
 
 		 1407 aa  659    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.329486  normal  0.063927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4282  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.59 
 
 		 1400 aa  641    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0186165  unclonable  0.0000000000438603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3915  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.72 
 
 		 1399 aa  651    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.3 
 
 		 1406 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0269  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.41 
 
 		 1415 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.45 
 
 		 1351 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.28 
 
 		 1412 aa  649    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.56 
 
 		 1405 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  43.92 
 
 		 1304 aa  639    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  45.67 
 
 		 1508 aa  639    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.63 
 
 		 1409 aa  670    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.19 
 
 		 1402 aa  646    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0676703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.82 
 
 		 1290 aa  649    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.29 
 
 		 1404 aa  669    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.48 
 
 		 1405 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.498009  hitchhiker  0.000390877 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0190  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.48 
 
 		 1405 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.87384  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0713  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.84 
 
 		 1404 aa  644    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3686  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.83 
 
 		 1255 aa  645    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.89 
 
 		 1400 aa  668    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>