More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0450 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  604  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.43 
 
 
290 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.17 
 
 
290 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  59.93 
 
 
291 aa  332  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.17 
 
 
290 aa  332  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
296 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 
290 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.28 
 
 
300 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 
294 aa  292  4e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
284 aa  280  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
301 aa  267  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47 
 
 
291 aa  265  1e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
293 aa  255  6e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  45.99 
 
 
294 aa  253  4.0000000000000004e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
282 aa  248  7e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
285 aa  247  2e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.28 
 
 
278 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  45.04 
 
 
291 aa  241  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.7 
 
 
286 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.91 
 
 
285 aa  238  9e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
255 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
254 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
254 aa  186  4e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
256 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
256 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
256 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
264 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 
254 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 
254 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 
256 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
264 aa  176  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  35.61 
 
 
292 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  35.61 
 
 
292 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
303 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
289 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
292 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
259 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
268 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
268 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
289 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
306 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
286 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 
288 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  34.38 
 
 
289 aa  135  9e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
257 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
304 aa  132  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  31.62 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  33.99 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
294 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
254 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.21 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  31.11 
 
 
271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  32.42 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
290 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
258 aa  125  9e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
286 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
323 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.31 
 
 
286 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
294 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.31 
 
 
286 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 
267 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  31.33 
 
 
292 aa  124  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
255 aa  123  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
275 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  122  8e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 
265 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  31.06 
 
 
268 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
258 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
254 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11319  peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase  31.88 
 
 
296 aa  120  3e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.184472  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
275 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 
260 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.2 
 
 
254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  28.68 
 
 
273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
273 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
251 aa  118  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>