More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3167 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
301 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  52.41 
 
 
291 aa  279  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
296 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
290 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 
290 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.34 
 
 
290 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.66 
 
 
290 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.5 
 
 
300 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
294 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
285 aa  228  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.62 
 
 
278 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
291 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
284 aa  217  1e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
282 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  40.14 
 
 
294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
293 aa  196  5.000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.97 
 
 
285 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  40.14 
 
 
291 aa  192  5e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 
254 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
254 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
254 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
256 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
256 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
264 aa  159  7e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
286 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
287 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
292 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
308 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
268 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
268 aa  142  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
289 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
282 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
289 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  31.37 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
258 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
294 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
266 aa  129  8.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  30.63 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  30.12 
 
 
289 aa  125  8.000000000000001e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
304 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
266 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
258 aa  124  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
298 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  31.06 
 
 
271 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
247 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
273 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2037  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
273 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0153445  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
273 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
306 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.8 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1566  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
267 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.52 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  29.69 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  34.24 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2274  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
273 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000319086  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2075  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
273 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000264648  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
271 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
255 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
277 aa  119  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2118  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
280 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000143066  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
268 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  30.27 
 
 
249 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
259 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  30.27 
 
 
249 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
275 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.91 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
270 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 
257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
265 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>