More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2925 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  100 
 
 
291 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.85 
 
 
290 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.54 
 
 
290 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.85 
 
 
290 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.04 
 
 
290 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63 
 
 
300 aa  371  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.93 
 
 
296 aa  318  7e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 
296 aa  312  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.41 
 
 
301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
294 aa  259  4e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.92 
 
 
296 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
285 aa  240  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.59 
 
 
284 aa  238  9e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
291 aa  231  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.42 
 
 
282 aa  230  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.32 
 
 
278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
286 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.75 
 
 
285 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
293 aa  221  9e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  42.16 
 
 
294 aa  217  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  42.7 
 
 
291 aa  205  6e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
254 aa  192  7e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
255 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
254 aa  185  6e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
254 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  43.19 
 
 
264 aa  178  9e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
254 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
254 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
254 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
256 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
256 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
269 aa  165  8e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
282 aa  148  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
308 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
287 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
268 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  34.43 
 
 
289 aa  135  8e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
303 aa  133  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  33.6 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  33.2 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 
260 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
259 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
286 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
306 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 
259 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
266 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
289 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.39 
 
 
255 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
252 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  31.27 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.29 
 
 
294 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
268 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
293 aa  115  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  31.23 
 
 
289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02177  short chain dehydrogenase/oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15740)  31.25 
 
 
337 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.186122 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57591  predicted protein  31.89 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1819  glucose 1-dehydrogenase  30.68 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00010189  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
294 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
256 aa  114  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
304 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00828182 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 
275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1203  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
271 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.354436  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  30.68 
 
 
271 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
260 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  32.42 
 
 
268 aa  112  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.11 
 
 
253 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
273 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.71 
 
 
253 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
257 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  31.54 
 
 
260 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
256 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2391  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
273 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00010416  unclonable  0.0000108368 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
255 aa  112  9e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 
261 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 
257 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>