More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1965 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.17 
 
 
290 aa  557  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.52 
 
 
290 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.55 
 
 
290 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  86.85 
 
 
291 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.67 
 
 
300 aa  363  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.43 
 
 
296 aa  322  6e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.48 
 
 
296 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.34 
 
 
301 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
284 aa  240  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
282 aa  235  5.0000000000000005e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
291 aa  235  8e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
286 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  42.86 
 
 
294 aa  227  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
296 aa  226  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
285 aa  224  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.25 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  45.2 
 
 
255 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  41.57 
 
 
291 aa  202  6e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  45.2 
 
 
254 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 
256 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
254 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 
256 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
254 aa  188  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
256 aa  188  9e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
254 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
254 aa  188  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
254 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
254 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
256 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
264 aa  185  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
282 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
308 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
258 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
287 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  34.7 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
303 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
259 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
302 aa  125  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
289 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
259 aa  123  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  33.6 
 
 
292 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
256 aa  124  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  31.78 
 
 
273 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  33.2 
 
 
292 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
268 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
255 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
294 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  32.38 
 
 
254 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.85 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  31.91 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 
254 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
252 aa  116  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
293 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
256 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
269 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
250 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  31.62 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.13 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.4 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.47 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.4 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.4 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.52 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  32.42 
 
 
260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
265 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
275 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
261 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
263 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>