More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1869 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.9 
 
 
290 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.52 
 
 
290 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.9 
 
 
290 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  87.54 
 
 
291 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.33 
 
 
300 aa  359  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.43 
 
 
296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.14 
 
 
296 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.66 
 
 
301 aa  269  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.9 
 
 
294 aa  255  8e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.25 
 
 
284 aa  248  6e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
291 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 
278 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.1 
 
 
282 aa  231  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47 
 
 
286 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.37 
 
 
296 aa  229  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  42.86 
 
 
294 aa  227  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  45.2 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  41.57 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
254 aa  200  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 
254 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
256 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
256 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
256 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
264 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
254 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
264 aa  169  7e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
269 aa  157  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
308 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 
292 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
282 aa  138  8.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
287 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
258 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
258 aa  132  6e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  34.33 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  129  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
277 aa  129  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
306 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
256 aa  125  6e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
290 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
259 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 
273 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
306 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
289 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.58 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  33.2 
 
 
292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  32.81 
 
 
292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
260 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  31.56 
 
 
254 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
298 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.58 
 
 
253 aa  116  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
251 aa  115  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  32.02 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
249 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.92 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1758  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 
270 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.259984  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
259 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 
257 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
254 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
295 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
260 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
246 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00828182 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
265 aa  112  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
255 aa  112  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2071  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00111484  unclonable  0.00000000000219735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>