More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0403 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
278 aa  557  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.42 
 
 
286 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.35 
 
 
284 aa  258  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
296 aa  241  7.999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.08 
 
 
291 aa  240  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
285 aa  238  9e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
282 aa  238  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
285 aa  230  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
296 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.19 
 
 
293 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 
294 aa  226  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  46.32 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.28 
 
 
296 aa  215  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
290 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 
290 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
290 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
290 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  44.83 
 
 
291 aa  210  3e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.62 
 
 
301 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  46.32 
 
 
291 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
300 aa  195  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
254 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
255 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
254 aa  157  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
256 aa  156  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
256 aa  156  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
254 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
254 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
254 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
254 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 
264 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
256 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
269 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
259 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.21 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
254 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
292 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  31.56 
 
 
260 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.14 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
247 aa  130  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
293 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.51 
 
 
245 aa  130  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
268 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
258 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
257 aa  126  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.02 
 
 
247 aa  125  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.93 
 
 
246 aa  125  7e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
257 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
245 aa  125  9e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
258 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
245 aa  125  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
245 aa  124  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
255 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.06 
 
 
247 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.38 
 
 
286 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
255 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
256 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
267 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
298 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
246 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
251 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
286 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
286 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
253 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
253 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.53 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
255 aa  119  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
249 aa  119  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
270 aa  119  6e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.25 
 
 
245 aa  119  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
254 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
255 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 
263 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 
259 aa  118  9e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
245 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>