More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4828 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  603  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  56.85 
 
 
291 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
296 aa  308  5.9999999999999995e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.52 
 
 
290 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.48 
 
 
290 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.14 
 
 
290 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.14 
 
 
290 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.82 
 
 
300 aa  292  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
301 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
284 aa  250  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
278 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
291 aa  244  9.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
282 aa  241  7.999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.35 
 
 
285 aa  238  8e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
294 aa  236  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  45.32 
 
 
294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.26 
 
 
285 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.49 
 
 
293 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  44.95 
 
 
291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
286 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
255 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
254 aa  185  7e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
264 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
269 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  36.5 
 
 
292 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  36.12 
 
 
292 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
254 aa  158  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
289 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
294 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 
254 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
256 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
256 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  37 
 
 
264 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
306 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
302 aa  146  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
295 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
298 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
303 aa  142  5e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
304 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
268 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
268 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
282 aa  136  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
287 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 
259 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  35.77 
 
 
292 aa  135  9.999999999999999e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  31.89 
 
 
260 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  31.79 
 
 
289 aa  132  7.999999999999999e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
256 aa  129  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.79 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
248 aa  125  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
252 aa  125  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
273 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
251 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
252 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
257 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1982  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
275 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000445056  unclonable  0.000000000077368 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
266 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1031  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
263 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0687458 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
258 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
266 aa  122  5e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
271 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
247 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
268 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
254 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
247 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
260 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.92 
 
 
255 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2397  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.59 
 
 
254 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
247 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1929  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
265 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000156385  unclonable  0.0000000000437203 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2049  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0464745  hitchhiker  0.000360099 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
248 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.92 
 
 
247 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
254 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>