More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1677 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.21 
 
 
290 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.55 
 
 
290 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.9 
 
 
290 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  83.04 
 
 
291 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
300 aa  354  8.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.76 
 
 
296 aa  308  8e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.14 
 
 
296 aa  294  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
301 aa  278  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
294 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 
284 aa  235  8e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
278 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
291 aa  227  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.02 
 
 
282 aa  226  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
285 aa  226  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  41.11 
 
 
294 aa  219  6e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.6 
 
 
286 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.71 
 
 
285 aa  219  6e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
293 aa  212  7e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
255 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  40.6 
 
 
291 aa  192  5e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
254 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
254 aa  186  6e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 
254 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 
254 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
256 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  178  7e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
256 aa  178  8e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
264 aa  178  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
264 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
269 aa  158  9e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
292 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
287 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
282 aa  136  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
258 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
290 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
259 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  31.27 
 
 
292 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
306 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
289 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 
260 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
256 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  30.93 
 
 
292 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
259 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
289 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
259 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
306 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
255 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
303 aa  122  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  32.36 
 
 
289 aa  122  9e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
266 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  31.52 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  33.06 
 
 
254 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.45 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  32.81 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.82 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.17 
 
 
253 aa  116  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
273 aa  115  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
255 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
252 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.53 
 
 
253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
256 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
295 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
251 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.68 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  31.18 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.68 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.27 
 
 
253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.68 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
256 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
257 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.83 
 
 
253 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.47 
 
 
252 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>