227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1114 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1114  FO synthase subunit 1  100 
 
 		 380 aa  775    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.785548  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4049  FO synthase subunit 1  58.52 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4251  FO synthase subunit 1  59.1 
 
 		 386 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0115249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2623  Radical SAM domain protein  53.8 
 
 		 800 aa  374  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000614503  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4423  FO synthase  51.98 
 
 		 820 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.308289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0975  FO synthase  52.42 
 
 		 792 aa  364  1e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.156535  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0746  radical SAM domain-containing protein  51.66 
 
 		 881 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.331413 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4032  FO synthase  48.35 
 
 		 859 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.249392  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4107  FO synthase  48.35 
 
 		 859 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2167  FO synthase  47.88 
 
 		 859 aa  344  1e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0462649 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0946  FO synthase  51.8 
 
 		 860 aa  344  1e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2519  FO synthase  49.08 
 
 		 871 aa  343  2e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391262  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1376  FO synthase  50 
 
 		 867 aa  343  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4262  FO synthase  48.08 
 
 		 859 aa  342  5e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0918112 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0888  FO synthase  51.38 
 
 		 836 aa  342  5.999999999999999e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0248143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4075  Radical SAM domain protein  51.38 
 
 		 859 aa  340  2e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11198  FO synthase  48.15 
 
 		 856 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.152769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4533  FO synthase  47.35 
 
 		 859 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3771  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  50 
 
 		 875 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8766  FO synthase  49.72 
 
 		 857 aa  335  5.999999999999999e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.977085  normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1483  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  50.41 
 
 		 872 aa  334  1e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6472  FO synthase  50.14 
 
 		 838 aa  334  1e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0717  FO synthase  51.54 
 
 		 779 aa  335  1e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00851827 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0769  FO synthase  51.8 
 
 		 884 aa  333  3e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0435943  normal  0.470763 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13970  FO synthase subunit 1 /FO synthase subunit 2  51.44 
 
 		 811 aa  332  7.000000000000001e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3324  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofG subunit  48.47 
 
 		 416 aa  331  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1148  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  48.4 
 
 		 863 aa  327  3e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.064662  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0863  FO synthase  48.31 
 
 		 852 aa  324  2e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.241376  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0814  FO synthase  47.72 
 
 		 842 aa  322  8e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.333048  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0058  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofG subunit  50 
 
 		 419 aa  316  4e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.161997 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4262  Radical SAM domain protein  48.88 
 
 		 826 aa  314  9.999999999999999e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.296294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3619  FO synthase  46.45 
 
 		 841 aa  309  5e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_51122  predicted protein  51.87 
 
 		 841 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0345053 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0593  radical SAM domain-containing protein  40.06 
 
 		 390 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3632  Radical SAM domain protein  47.34 
 
 		 430 aa  292  6e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0687937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0745  FO synthase  48.06 
 
 		 899 aa  285  9e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1779  FO synthase subunit 1  40.46 
 
 		 352 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.431297  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0684  FO synthase subunit 1  40.35 
 
 		 352 aa  282  6.000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.46158  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3415  FO synthase subunit 1  46.6 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.678705  normal  0.642517 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0044  FO synthase subunit 1  41.02 
 
 		 351 aa  281  1e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0911  FO synthase subunit 1  41.16 
 
 		 380 aa  280  2e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.143979  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0124  FO synthase subunit 1  40.29 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.785163  normal  0.654692 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5865  FO synthase  46.67 
 
 		 944 aa  280  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.342546  normal  0.564684 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1302  FO synthase subunit 1  43.32 
 
 		 330 aa  276  6e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0900  Radical SAM domain protein  44.72 
 
 		 757 aa  264  2e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.180074  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1894  FO synthase subunit 1  45.83 
 
 		 387 aa  263  4.999999999999999e-69  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.373224 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1253  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  45.05 
 
 		 565 aa  261  1e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0348661  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2201  radical SAM domain-containing protein  46.46 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0976  Radical SAM domain protein  45.09 
 
 		 327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.401774  normal  0.977803 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1590  hypothetical protein  42.55 
 
 		 321 aa  250  3e-65  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00904391  hitchhiker  0.000759826 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2633  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofG subunit  41.4 
 
 		 389 aa  248  9e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0537539  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1304  FO synthase subunit 1  43.12 
 
 		 368 aa  246  4e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.366684  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1415  FO synthase subunit 1  44.09 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.499362  normal  0.994987 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1838  radical SAM domain-containing protein  42.86 
 
 		 331 aa  239  5e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.162234  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0642  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofG subunit  43.23 
 
 		 393 aa  236  5.0000000000000005e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0221  FO synthase subunit 1  43.59 
 
 		 326 aa  233  5e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.906705  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4165  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  38.27 
 
 		 741 aa  210  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.358903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4090  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  37.46 
 
 		 737 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0388859 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4147  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofH subunit  35.11 
 
 		 737 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.280737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0173  FO synthase subunit 1  36.91 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0892  FO synthase subunit 1  36.11 
 
 		 336 aa  159  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000147702  decreased coverage  0.000138874 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3695  FO synthase subunit 1  35.37 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3749  FO synthase subunit 1  36.08 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.499333 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0829  FO synthase subunit 1  35.44 
 
 		 321 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.241986 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1598  FO synthase subunit 1  35.11 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000217734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0367  FO synthase subunit 1  34.29 
 
 		 307 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0829  7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin synthase, CofG subunit  36.59 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0678132  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1304  FO synthase subunit 2  25.5 
 
 		 356 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0411  Radical SAM domain protein  24.04 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0123  hypothetical protein  24.64 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1271  radical SAM domain-containing protein  24.5 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2962  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 		 360 aa  62  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0300282  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0284  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5062  biotin synthase  24.02 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1434  FO synthase subunit 2  26.62 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2410  hypothetical protein  22.67 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0826  biotin synthase  26.37 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.247996  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1407  Radical SAM domain protein  21.66 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0320  hypothetical protein  26.13 
 
 		 355 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000157308  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0234  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 358 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1738  biotin synthase  26.78 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0441  radical SAM domain-containing protein  23.45 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0218  Radical SAM domain protein  24.05 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1552  biotin synthase  26.21 
 
 		 341 aa  58.9  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3578  radical SAM domain-containing protein  23.59 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1125  biotin synthase  27.05 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.259042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1089  radical SAM domain-containing protein  27 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1029  hypothetical protein  23 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.148113  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0048  radical SAM domain-containing protein  23.14 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3391  hypothetical protein  23.43 
 
 		 360 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.352496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3417  FO synthase subunit 2  23.32 
 
 		 384 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1497 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0259  hypothetical protein  25.29 
 
 		 384 aa  55.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1735  Radical SAM domain protein  23.69 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00136048  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4206  radical SAM domain-containing protein  25.1 
 
 		 387 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0671  Radical SAM domain protein  25.41 
 
 		 355 aa  54.3  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1007  Radical SAM domain protein  24.04 
 
 		 369 aa  54.3  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0379726 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4284  radical SAM domain-containing protein  22.03 
 
 		 360 aa  53.9  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3618  radical SAM domain-containing protein  23.16 
 
 		 357 aa  53.5  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0038  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 362 aa  53.1  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2916  biotin synthase  26.92 
 
 		 320 aa  53.1  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113509  normal  0.431828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>