More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1880 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1880  PDZ/DHR/GLGF  100 
 
 		 290 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1031  PDZ/DHR/GLGF  93.79 
 
 		 290 aa  527  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0474  PDZ/DHR/GLGF domain protein  43.97 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.368198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1717  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  45.14 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3766  Serine protease  44.87 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.972329 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3073  PDZ/DHR/GLGF  30.56 
 
 		 329 aa  139  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.82446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0913  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.67 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000218264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0856  PDZ/DHR/GLGF  40.38 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0384143  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0905  PDZ/DHR/GLGF domain protein  40.53 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654102  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0901  PDZ/DHR/GLGF domain protein  40.53 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.242247  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2444  PDZ/DHR/GLGF domain protein  31.86 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  29.67 
 
 		 527 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4090  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.3 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0153565  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  31.46 
 
 		 502 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  28.84 
 
 		 516 aa  99.4  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  30.8 
 
 		 501 aa  99  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1317  protease Do  29.2 
 
 		 508 aa  98.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278198  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  30.3 
 
 		 508 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  30.3 
 
 		 503 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  30.3 
 
 		 503 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  28.57 
 
 		 523 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  30.22 
 
 		 506 aa  96.3  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  30.71 
 
 		 513 aa  95.9  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  30.71 
 
 		 513 aa  95.9  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  29.66 
 
 		 496 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1230  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  29.49 
 
 		 303 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.181134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  27.47 
 
 		 523 aa  95.5  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  28.57 
 
 		 528 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0797  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  28.81 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.661347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  27.38 
 
 		 537 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  30.8 
 
 		 483 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  28.52 
 
 		 464 aa  93.2  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  29.79 
 
 		 491 aa  92.4  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  29.28 
 
 		 496 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  28.41 
 
 		 529 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  29.17 
 
 		 524 aa  91.3  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  30.6 
 
 		 504 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  28.94 
 
 		 483 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  28.94 
 
 		 483 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  28.35 
 
 		 498 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  28.21 
 
 		 528 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  29.52 
 
 		 527 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  27.69 
 
 		 476 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  27.9 
 
 		 526 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  26.59 
 
 		 520 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  29.15 
 
 		 520 aa  89.7  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  29.63 
 
 		 527 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  26.95 
 
 		 464 aa  89.4  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  28.23 
 
 		 499 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  28.9 
 
 		 496 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  26.56 
 
 		 466 aa  89.4  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  27.2 
 
 		 476 aa  89.4  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2046  protease Do  27.41 
 
 		 525 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.858833  normal  0.0343309 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  28.68 
 
 		 491 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  29.17 
 
 		 501 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  26.8 
 
 		 511 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  26.62 
 
 		 511 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  28.9 
 
 		 493 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  28.95 
 
 		 506 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  29.92 
 
 		 500 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  28.19 
 
 		 498 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  27.99 
 
 		 509 aa  86.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  27.8 
 
 		 497 aa  86.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  26.62 
 
 		 511 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  26.62 
 
 		 500 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  27.99 
 
 		 524 aa  85.9  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  27.04 
 
 		 497 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  27.18 
 
 		 525 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  27.59 
 
 		 501 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  28.41 
 
 		 516 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  28.2 
 
 		 493 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  26.8 
 
 		 501 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0916  HtrA2 peptidase  27.82 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  27.8 
 
 		 496 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4226  periplasmic serine protease DegS  27.92 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  hitchhiker  0.000290444 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0175  trypsin-like serine protease  27.18 
 
 		 347 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0707716  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3599  periplasmic serine protease DegS  27.34 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  29.96 
 
 		 499 aa  83.2  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  28.62 
 
 		 524 aa  83.2  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  27.07 
 
 		 514 aa  83.2  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  29.3 
 
 		 505 aa  82.8  0.000000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  27.31 
 
 		 484 aa  82.4  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  25.81 
 
 		 504 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1771  peptidase S1C, Do  28.09 
 
 		 524 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0217208  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  27.76 
 
 		 485 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  28.24 
 
 		 475 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  26.54 
 
 		 485 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  27.99 
 
 		 501 aa  80.1  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.9 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.236131  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3298  peptidase S1C, Do  26.18 
 
 		 511 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1058  periplasmic protease signal peptide protein  27.7 
 
 		 505 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.200885  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3943  protease DegS  27.61 
 
 		 360 aa  79  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0484  2-alkenal reductase  28.91 
 
 		 388 aa  79  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000148342  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0111  2-alkenal reductase  25.41 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00650  2-alkenal reductase  26.97 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2213  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.14 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0322293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0729  periplasmic serine protease DegS  27.44 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.206097  normal  0.0822634 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3655  periplasmic serine protease DegS  27.44 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00040355  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0743  2-alkenal reductase  27.82 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107193  normal  0.305104 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0720  periplasmic serine protease DegS  27.44 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00253499 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>