253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0449 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0449  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
492 aa  933    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.271048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0486  diguanylate phosphodiesterase  84.38 
 
 
493 aa  680    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.333757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0416  EAL domain-containing protein  98.17 
 
 
509 aa  918    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1780  diguanylate phosphodiesterase  48.85 
 
 
494 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459436  decreased coverage  0.0080021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4087  diguanylate phosphodiesterase  48.17 
 
 
509 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0291163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0710  diguanylate phosphodiesterase  48.04 
 
 
482 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1720  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
531 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.908269  normal  0.310447 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2538  diguanylate phophodiesterase  32.28 
 
 
479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1287  putative cylclic diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 
490 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.437455  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1183  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 
490 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0893213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0268  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 
430 aa  131  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0895  diguanylate phosphodiesterase  31.94 
 
 
485 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1371  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 
521 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.377375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3158  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 
483 aa  124  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4042  diguanylate phosphodiesterase  31.87 
 
 
419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0607  diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 
406 aa  107  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.59 
 
 
840 aa  70.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  26.36 
 
 
814 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  26.67 
 
 
818 aa  64.7  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.87 
 
 
883 aa  62.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.41 
 
 
816 aa  61.6  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.8 
 
 
648 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.84 
 
 
650 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2762  putative diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
678 aa  57.8  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.317441  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.06 
 
 
1032 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.28 
 
 
665 aa  57.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.41 
 
 
818 aa  57  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  24.07 
 
 
976 aa  57  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
731 aa  56.2  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.166463 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
642 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.19 
 
 
735 aa  56.2  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.63762  hitchhiker  0.0000000000000445452 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 
611 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  27.66 
 
 
799 aa  55.8  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 
413 aa  55.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03553  putative orphan protein; putative EAL domain  25.41 
 
 
243 aa  55.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  27.8 
 
 
648 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.8 
 
 
648 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  26.34 
 
 
407 aa  55.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.61 
 
 
1101 aa  55.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  24.72 
 
 
752 aa  54.3  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 
648 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
291 aa  54.7  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3930  diguanylate phosphodiesterase  25.51 
 
 
241 aa  54.7  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
736 aa  54.3  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.779609  normal  0.0932297 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0332  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  28.82 
 
 
670 aa  54.3  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.88 
 
 
569 aa  54.3  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00213873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 
648 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 
442 aa  53.9  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000356  hypothetical protein  23.85 
 
 
882 aa  53.9  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.743126  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.59 
 
 
762 aa  53.5  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.36 
 
 
842 aa  53.5  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2526  EAL domain protein  24.76 
 
 
526 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.96 
 
 
868 aa  53.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.89 
 
 
905 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4383  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  20.08 
 
 
733 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.3 
 
 
648 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  24.14 
 
 
566 aa  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 
656 aa  52.4  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0588744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  28.24 
 
 
601 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.65 
 
 
650 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.95 
 
 
786 aa  52.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.79 
 
 
663 aa  52.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.12 
 
 
673 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.57 
 
 
790 aa  51.6  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0159193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  25.61 
 
 
392 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.32 
 
 
699 aa  51.2  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.98 
 
 
752 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  25.81 
 
 
842 aa  51.2  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  22.73 
 
 
717 aa  50.8  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.98 
 
 
752 aa  50.8  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.5 
 
 
796 aa  50.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.18 
 
 
754 aa  50.8  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.24 
 
 
535 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001429  GGDEF family protein  21.12 
 
 
606 aa  50.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000304486  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.81 
 
 
758 aa  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.7 
 
 
853 aa  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  21.9 
 
 
777 aa  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0606  putative signaling protein  22.69 
 
 
679 aa  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.05 
 
 
397 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3810  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.5 
 
 
763 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.14 
 
 
801 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.03 
 
 
562 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.32 
 
 
679 aa  49.7  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.72 
 
 
677 aa  49.3  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0467  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 
1263 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.39 
 
 
855 aa  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  26.25 
 
 
684 aa  50.1  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  28.03 
 
 
562 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  20.22 
 
 
817 aa  48.9  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002619  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  25.51 
 
 
679 aa  48.9  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.3 
 
 
667 aa  48.9  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.973751  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.99 
 
 
640 aa  49.3  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 
705 aa  48.5  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.71 
 
 
738 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  26.34 
 
 
442 aa  48.9  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
942 aa  49.3  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  25.71 
 
 
392 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
456 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3732  diguanylate phosphodiesterase  28.14 
 
 
271 aa  48.9  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.731065  normal  0.388082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>