More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1720 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1720  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
531 aa  1051    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.908269  normal  0.310447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1287  putative cylclic diguanylate phosphodiesterase  61.01 
 
 
490 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.437455  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1183  diguanylate phosphodiesterase  60.53 
 
 
490 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0893213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0895  diguanylate phosphodiesterase  57.57 
 
 
485 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3158  diguanylate phosphodiesterase  57.6 
 
 
483 aa  547  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1371  diguanylate phosphodiesterase  57.74 
 
 
521 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.377375  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2538  diguanylate phophodiesterase  53.62 
 
 
479 aa  529  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0268  diguanylate phosphodiesterase  41.97 
 
 
430 aa  243  6e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4042  diguanylate phosphodiesterase  43.49 
 
 
419 aa  235  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0607  diguanylate phosphodiesterase  40.16 
 
 
406 aa  201  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1780  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 
494 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459436  decreased coverage  0.0080021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0486  diguanylate phosphodiesterase  32.9 
 
 
493 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.333757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0449  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
492 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.271048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0416  EAL domain-containing protein  33.15 
 
 
509 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4087  diguanylate phosphodiesterase  36.49 
 
 
509 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0291163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0710  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 
482 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.24 
 
 
842 aa  74.7  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.53 
 
 
583 aa  74.3  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 
942 aa  73.6  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  24.03 
 
 
1075 aa  73.2  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
648 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  27.97 
 
 
648 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.97 
 
 
648 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.89 
 
 
677 aa  70.9  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.29 
 
 
738 aa  70.5  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4383  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.51 
 
 
733 aa  70.5  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  25.81 
 
 
842 aa  70.5  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.11 
 
 
1278 aa  69.7  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 
648 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2010  diguanylate phosphodiesterase  26.09 
 
 
454 aa  69.3  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0502  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 
574 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0276751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 
592 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.51 
 
 
778 aa  68.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
994 aa  68.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.21 
 
 
883 aa  67.4  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
648 aa  67  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0500  diguanylate cyclase/phophodiesterase  23.43 
 
 
592 aa  66.6  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25 
 
 
799 aa  66.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.78 
 
 
979 aa  65.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.76 
 
 
645 aa  65.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.73 
 
 
878 aa  65.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.49 
 
 
583 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.19 
 
 
1093 aa  64.3  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.14 
 
 
790 aa  63.9  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 
593 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 
593 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  22.88 
 
 
1086 aa  63.9  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  23.08 
 
 
726 aa  63.5  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  25.1 
 
 
777 aa  63.5  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5688  hypothetical protein  25.99 
 
 
691 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.21 
 
 
731 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.166463 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.83 
 
 
840 aa  62.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.02 
 
 
884 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.55 
 
 
902 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.55 
 
 
887 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  23.98 
 
 
362 aa  62  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  25.71 
 
 
588 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  23.98 
 
 
362 aa  62  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 
587 aa  61.6  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0308  GGDEF domain-containing protein  21.85 
 
 
583 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.343771 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  23.98 
 
 
362 aa  62  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1912  diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
554 aa  61.2  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.390837  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  23.98 
 
 
362 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  27.49 
 
 
442 aa  61.2  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1475  hypothetical protein  23.9 
 
 
842 aa  60.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.98 
 
 
362 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  23.98 
 
 
362 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0128  HAMP domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  21.65 
 
 
801 aa  60.8  0.00000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  23.98 
 
 
362 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  23.98 
 
 
362 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.1 
 
 
877 aa  60.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3065  EAL domain protein  23.16 
 
 
281 aa  60.8  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.41 
 
 
816 aa  60.5  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3396  GGDEF domain-containing protein  26.12 
 
 
795 aa  60.5  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  22.98 
 
 
818 aa  60.1  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 
809 aa  60.1  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0538  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.92 
 
 
684 aa  59.7  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.561154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.7 
 
 
563 aa  60.1  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226909  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.08 
 
 
673 aa  59.7  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  22.31 
 
 
768 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.76 
 
 
716 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24 
 
 
874 aa  58.9  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 
651 aa  59.3  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.56 
 
 
585 aa  59.3  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0160579 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.11 
 
 
1487 aa  58.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.1 
 
 
604 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 
638 aa  58.2  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.9 
 
 
469 aa  58.2  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.8 
 
 
1076 aa  57.8  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.69 
 
 
975 aa  57.8  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  33.67 
 
 
785 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1446  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.32 
 
 
698 aa  57.4  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0770  GGDEF domain-containing protein  24.03 
 
 
610 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.147569  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.66 
 
 
656 aa  57.4  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0588744  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.72 
 
 
517 aa  57.4  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  23.02 
 
 
811 aa  57  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.36 
 
 
442 aa  57  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.21 
 
 
438 aa  57  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00213873  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.33 
 
 
786 aa  57  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65540  hypothetical protein  24.56 
 
 
691 aa  57  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>