More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_0378 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  93.09 
 
 
362 aa  686    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  93.09 
 
 
362 aa  686    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  93.09 
 
 
362 aa  686    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  93.09 
 
 
362 aa  686    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  99.45 
 
 
362 aa  748    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  93.65 
 
 
362 aa  690    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  99.72 
 
 
362 aa  749    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  100 
 
 
362 aa  751    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  42.97 
 
 
500 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  44.02 
 
 
528 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  45.14 
 
 
521 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  44.88 
 
 
528 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  45.56 
 
 
523 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  43.75 
 
 
528 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  43.75 
 
 
528 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 
511 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  41.6 
 
 
501 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  42.39 
 
 
512 aa  206  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  44.76 
 
 
486 aa  204  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  44.22 
 
 
521 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  44.22 
 
 
521 aa  203  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  43.82 
 
 
507 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  43.82 
 
 
507 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  43.82 
 
 
521 aa  202  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  43.82 
 
 
521 aa  202  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  42.32 
 
 
520 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  39.45 
 
 
528 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  39.26 
 
 
506 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  34.28 
 
 
506 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
506 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  41.35 
 
 
506 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  40.93 
 
 
506 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  40.91 
 
 
519 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  38.15 
 
 
514 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  39.02 
 
 
515 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.8 
 
 
516 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  33.45 
 
 
518 aa  172  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  33.45 
 
 
518 aa  172  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  39.68 
 
 
532 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  33.45 
 
 
497 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  36.8 
 
 
516 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.68 
 
 
532 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  39.68 
 
 
532 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  39.68 
 
 
532 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  33.11 
 
 
518 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  39.68 
 
 
532 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  39.68 
 
 
532 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.8 
 
 
516 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  37.5 
 
 
526 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.8 
 
 
516 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
586 aa  168  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.68 
 
 
897 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.48 
 
 
833 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
1274 aa  166  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  39.68 
 
 
533 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.68 
 
 
533 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  36.09 
 
 
1093 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.68 
 
 
533 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  38.74 
 
 
532 aa  165  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  34.69 
 
 
1534 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  39.68 
 
 
460 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.68 
 
 
474 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  38.02 
 
 
530 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  36.93 
 
 
518 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  36.93 
 
 
518 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  36.93 
 
 
518 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  36.93 
 
 
518 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  36.93 
 
 
518 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.74 
 
 
736 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  35.66 
 
 
374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  35.59 
 
 
518 aa  163  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.54 
 
 
730 aa  163  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0952  GGDEF/EAL domain-containing protein  34.29 
 
 
821 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.461336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.47 
 
 
890 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 
611 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.88 
 
 
820 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
598 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.142292  normal  0.143257 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  36.29 
 
 
490 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6719  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.6 
 
 
1037 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556524  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.82 
 
 
772 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.61 
 
 
739 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
770 aa  160  4e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.75 
 
 
715 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
665 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.85 
 
 
1499 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  37.6 
 
 
538 aa  159  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
736 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.21 
 
 
836 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.492796  normal  0.0418259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 
717 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.04 
 
 
610 aa  158  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.66295  normal  0.802083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 
1120 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4980  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.44 
 
 
771 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.1 
 
 
1278 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.51 
 
 
855 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>