More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1798 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 520 aa  1039    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  56.04 
 
 		 511 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  58.33 
 
 		 521 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  57.4 
 
 		 523 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  52.43 
 
 		 528 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  52.02 
 
 		 528 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  51.83 
 
 		 528 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  52.22 
 
 		 528 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  41.26 
 
 		 506 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  35.64 
 
 		 500 aa  318  1e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  36.63 
 
 		 501 aa  317  3e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 		 512 aa  273  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  35.2 
 
 		 507 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  35.2 
 
 		 507 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  35.2 
 
 		 521 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  35.2 
 
 		 521 aa  262  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.2 
 
 		 521 aa  262  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.2 
 
 		 521 aa  260  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.78 
 
 		 486 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.1 
 
 		 533 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.91 
 
 		 533 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.91 
 
 		 533 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  34.06 
 
 		 526 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  34.32 
 
 		 532 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  37.64 
 
 		 474 aa  240  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.29 
 
 		 532 aa  239  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  34.29 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.29 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  37.05 
 
 		 460 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.1 
 
 		 532 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  31.61 
 
 		 528 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  30.54 
 
 		 506 aa  223  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  30.35 
 
 		 506 aa  223  8e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  30.35 
 
 		 506 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  33.4 
 
 		 538 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29.63 
 
 		 506 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  30 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  30 
 
 		 518 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 		 518 aa  217  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  30.14 
 
 		 518 aa  217  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  30.14 
 
 		 518 aa  217  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  30.14 
 
 		 518 aa  217  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  30 
 
 		 518 aa  217  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  30.14 
 
 		 518 aa  217  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  30.38 
 
 		 497 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  27.7 
 
 		 535 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  43.51 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 362 aa  211  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.57 
 
 		 534 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 362 aa  211  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.1 
 
 		 362 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  43.1 
 
 		 362 aa  210  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  43.1 
 
 		 362 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  43.1 
 
 		 362 aa  210  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  32.24 
 
 		 518 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  32.17 
 
 		 518 aa  209  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  32.17 
 
 		 518 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  32.17 
 
 		 518 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  29.92 
 
 		 526 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  29.92 
 
 		 526 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  32.17 
 
 		 518 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  32.65 
 
 		 515 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  29.86 
 
 		 514 aa  203  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  33.06 
 
 		 534 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  33.26 
 
 		 534 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  33.26 
 
 		 534 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.9 
 
 		 519 aa  193  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.99 
 
 		 518 aa  192  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 		 546 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  31.72 
 
 		 588 aa  192  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 		 529 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  31.77 
 
 		 546 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  31.38 
 
 		 529 aa  187  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.83 
 
 		 504 aa  186  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.02 
 
 		 593 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.58 
 
 		 947 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.02 
 
 		 593 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  43.72 
 
 		 1346 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  29.98 
 
 		 516 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 		 522 aa  183  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30 
 
 		 516 aa  183  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30 
 
 		 516 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.76 
 
 		 516 aa  181  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  39.24 
 
 		 525 aa  180  4.999999999999999e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.86 
 
 		 827 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.43 
 
 		 1497 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.43 
 
 		 1490 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.43 
 
 		 1497 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.43 
 
 		 1497 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  28.24 
 
 		 490 aa  177  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.32 
 
 		 629 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.5 
 
 		 1006 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.62 
 
 		 1017 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.24 
 
 		 1047 aa  174  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  39.92 
 
 		 638 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  39.75 
 
 		 1228 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>