More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1967 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  75.52 
 
 		 532 aa  816    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  75.52 
 
 		 532 aa  816    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  99.44 
 
 		 533 aa  1087    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  75.52 
 
 		 532 aa  816    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  100 
 
 		 533 aa  1090    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  72.5 
 
 		 532 aa  772    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  100 
 
 		 533 aa  1090    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  99.13 
 
 		 460 aa  937    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  75.52 
 
 		 532 aa  815    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  75.33 
 
 		 532 aa  815    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  99.79 
 
 		 474 aa  967    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  75.52 
 
 		 532 aa  816    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  45.61 
 
 		 538 aa  438  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2076  hypothetical protein  66.93 
 
 		 254 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  32.11 
 
 		 518 aa  247  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  32.11 
 
 		 518 aa  246  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  32.11 
 
 		 518 aa  246  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  32.11 
 
 		 518 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  31.91 
 
 		 518 aa  244  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  35.46 
 
 		 521 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 		 511 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  34.61 
 
 		 520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  33.27 
 
 		 523 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 		 528 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.23 
 
 		 518 aa  232  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  33.11 
 
 		 535 aa  231  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 		 528 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  34.73 
 
 		 528 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  32.23 
 
 		 534 aa  223  9e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  29.29 
 
 		 518 aa  220  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.12 
 
 		 518 aa  220  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.12 
 
 		 518 aa  220  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.12 
 
 		 518 aa  220  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.69 
 
 		 518 aa  219  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  29.12 
 
 		 518 aa  219  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  29.12 
 
 		 518 aa  219  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  29.29 
 
 		 518 aa  219  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  33.26 
 
 		 506 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  30.39 
 
 		 528 aa  217  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 		 528 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  31.16 
 
 		 497 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.92 
 
 		 504 aa  212  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  32.67 
 
 		 526 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  29.75 
 
 		 500 aa  197  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  26.91 
 
 		 526 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  26.91 
 
 		 526 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.13 
 
 		 516 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  30.13 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.13 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 		 506 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  32.06 
 
 		 506 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.13 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 		 506 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 534 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 		 506 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.13 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 534 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 534 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  30.22 
 
 		 588 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  41.67 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  32.13 
 
 		 537 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  28.57 
 
 		 530 aa  184  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  31.6 
 
 		 515 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  31.95 
 
 		 512 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 		 501 aa  179  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  28.4 
 
 		 522 aa  176  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  29.44 
 
 		 514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  40.07 
 
 		 525 aa  173  7.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 		 717 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.8 
 
 		 693 aa  170  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 		 546 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  34.1 
 
 		 489 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.34 
 
 		 1040 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  38.2 
 
 		 538 aa  168  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.52 
 
 		 862 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 		 1120 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.76 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  28.76 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  28.76 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.68 
 
 		 362 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3098  diguanylate phosphodiesterase  37.27 
 
 		 453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.905617  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  28.76 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.93 
 
 		 876 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.01 
 
 		 1484 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  34.3 
 
 		 532 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.23 
 
 		 1063 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.57 
 
 		 521 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  29.28 
 
 		 530 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  39.24 
 
 		 701 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.08 
 
 		 1059 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.04 
 
 		 835 aa  163  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  36.58 
 
 		 374 aa  163  6e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  36.33 
 
 		 532 aa  163  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  36.69 
 
 		 703 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 362 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 		 617 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 		 695 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.27 
 
 		 695 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  39.27 
 
 		 362 aa  162  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>