More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05545 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  100 
 
 
506 aa  1045    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  41.6 
 
 
521 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  40.73 
 
 
523 aa  372  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  41.26 
 
 
520 aa  349  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  37.2 
 
 
511 aa  333  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  37.83 
 
 
528 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  37.4 
 
 
528 aa  319  7e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  36.94 
 
 
528 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  36.94 
 
 
528 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
500 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  31.85 
 
 
501 aa  274  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  34.45 
 
 
532 aa  233  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 
512 aa  230  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  31.98 
 
 
538 aa  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.26 
 
 
533 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  29.23 
 
 
507 aa  213  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.23 
 
 
521 aa  213  9e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  29.23 
 
 
507 aa  213  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  29.23 
 
 
521 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  29.23 
 
 
521 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.01 
 
 
521 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.05 
 
 
533 aa  210  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.05 
 
 
533 aa  210  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.41 
 
 
474 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.98 
 
 
486 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.48 
 
 
460 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  31.45 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  31.45 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.45 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  31.45 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.98 
 
 
532 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.64 
 
 
504 aa  201  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.24 
 
 
532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  40.53 
 
 
519 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  30.6 
 
 
528 aa  197  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  31.64 
 
 
534 aa  197  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.91 
 
 
518 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  38.46 
 
 
518 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.31 
 
 
515 aa  196  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  38.46 
 
 
497 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  30.51 
 
 
518 aa  196  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  31.9 
 
 
535 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.91 
 
 
518 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.91 
 
 
518 aa  196  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  38.46 
 
 
518 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.91 
 
 
518 aa  195  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  38.46 
 
 
518 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  37.12 
 
 
518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  37.12 
 
 
518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  37.12 
 
 
518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  37.12 
 
 
518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  37.12 
 
 
518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.87 
 
 
518 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  30.41 
 
 
506 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  30.62 
 
 
506 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.26 
 
 
362 aa  191  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  29.59 
 
 
506 aa  190  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  41.2 
 
 
514 aa  190  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.84 
 
 
362 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
362 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  38.84 
 
 
362 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  28.99 
 
 
526 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  38.84 
 
 
362 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  38.84 
 
 
362 aa  188  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  31.17 
 
 
516 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  38.84 
 
 
362 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  38.84 
 
 
362 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  39.53 
 
 
506 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.17 
 
 
516 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.94 
 
 
516 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  27.99 
 
 
526 aa  186  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  27.99 
 
 
526 aa  186  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  38.79 
 
 
525 aa  185  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.94 
 
 
516 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 
593 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 
593 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.68 
 
 
951 aa  184  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.065238  normal  0.870771 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
693 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
693 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.72 
 
 
516 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.25 
 
 
947 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 
326 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.11 
 
 
790 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 
1070 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 
709 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  30.25 
 
 
529 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.14 
 
 
1020 aa  177  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.8 
 
 
683 aa  177  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
586 aa  176  8e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
890 aa  176  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  39.34 
 
 
998 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  35.25 
 
 
685 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.61 
 
 
693 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  35.66 
 
 
685 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 
1009 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
694 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.34 
 
 
1009 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.11 
 
 
1492 aa  174  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144881  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.93 
 
 
960 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.78 
 
 
1009 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>