More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5670 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
529 aa  1070    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  48.53 
 
 
534 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  48.72 
 
 
534 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  48.72 
 
 
534 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  48.27 
 
 
546 aa  458  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  48.27 
 
 
546 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  49.11 
 
 
588 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  48.07 
 
 
522 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  31.34 
 
 
523 aa  197  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.26 
 
 
521 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 
511 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  28.36 
 
 
506 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  27.9 
 
 
518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  181  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  28.27 
 
 
506 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  27.9 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  28.07 
 
 
506 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  27.71 
 
 
518 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  27.68 
 
 
497 aa  179  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  27.71 
 
 
518 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  27.47 
 
 
518 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  27.71 
 
 
518 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  27.71 
 
 
518 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  27.71 
 
 
518 aa  178  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  30.25 
 
 
506 aa  177  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29.07 
 
 
506 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  30.4 
 
 
528 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  28.6 
 
 
500 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.42 
 
 
1355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.08 
 
 
643 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.22 
 
 
896 aa  172  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.665756  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6906  diguanylate phosphodiesterase  36.09 
 
 
310 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
754 aa  170  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  28.73 
 
 
518 aa  169  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  26.73 
 
 
535 aa  168  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.11 
 
 
526 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.57 
 
 
574 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.55 
 
 
965 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  29.94 
 
 
520 aa  167  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0486  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 
964 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0481  sensory box protein  37.13 
 
 
964 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00530  hypothetical protein with two C-terminal GGDEF motifs  43.55 
 
 
719 aa  166  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.409537  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  27.93 
 
 
489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.8 
 
 
689 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.94 
 
 
947 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.75 
 
 
658 aa  163  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  38.52 
 
 
954 aa  163  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.52 
 
 
954 aa  163  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.96 
 
 
706 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  25.05 
 
 
504 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.44 
 
 
501 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  38.37 
 
 
965 aa  161  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5631  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  38.8 
 
 
904 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  28.93 
 
 
528 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.8 
 
 
645 aa  161  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  43.6 
 
 
1006 aa  161  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 
772 aa  160  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.43 
 
 
797 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.14 
 
 
1262 aa  160  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.22 
 
 
532 aa  160  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1508  hypothetical protein  34.96 
 
 
840 aa  160  7e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  29.52 
 
 
490 aa  160  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.3 
 
 
950 aa  160  8e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.16 
 
 
703 aa  159  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3968  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.67 
 
 
887 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.552435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  26.56 
 
 
534 aa  159  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.04 
 
 
960 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.93 
 
 
1051 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.11 
 
 
532 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.42 
 
 
819 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
736 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  29.03 
 
 
532 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  29.03 
 
 
532 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
796 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.03 
 
 
532 aa  158  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  29.03 
 
 
532 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 
1092 aa  157  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 
877 aa  157  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0606  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
593 aa  157  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533599  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
905 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.21 
 
 
1051 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1394  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.45 
 
 
924 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.640211  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
591 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  29.67 
 
 
528 aa  157  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  34.69 
 
 
865 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.59 
 
 
563 aa  156  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.72 
 
 
949 aa  156  7e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.37 
 
 
877 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 
991 aa  156  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.07 
 
 
1027 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 
528 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001211  sensory box/GGDEF family protein ScrC (involved in swarmer cell regulation)  33.88 
 
 
776 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.96 
 
 
878 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.34 
 
 
793 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.71 
 
 
1101 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  39.13 
 
 
795 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>