More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2920 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
511 aa  1057    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  58.15 
 
 
521 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  56.78 
 
 
523 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  57.28 
 
 
528 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  56.89 
 
 
528 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  55.91 
 
 
528 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  56.04 
 
 
520 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  56.5 
 
 
528 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  37.2 
 
 
506 aa  333  6e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  36.12 
 
 
501 aa  319  6e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  34.63 
 
 
500 aa  315  9e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  32.03 
 
 
512 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
521 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.77 
 
 
521 aa  253  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  31.04 
 
 
521 aa  252  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.57 
 
 
521 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  30.86 
 
 
507 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  30.86 
 
 
507 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.76 
 
 
486 aa  240  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.37 
 
 
532 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.08 
 
 
533 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.5 
 
 
532 aa  236  8e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.88 
 
 
533 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.88 
 
 
533 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  32.88 
 
 
532 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
532 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.88 
 
 
532 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
532 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.72 
 
 
526 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 
532 aa  230  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  32.36 
 
 
538 aa  226  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.71 
 
 
474 aa  226  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.66 
 
 
460 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  30.43 
 
 
534 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 
506 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 
506 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  30.54 
 
 
535 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 
506 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.64 
 
 
362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 
362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  30.21 
 
 
515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 
362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  46.64 
 
 
362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  46.64 
 
 
362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  46.64 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  46.64 
 
 
362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  46.64 
 
 
362 aa  213  7.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  29.98 
 
 
506 aa  212  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  31.71 
 
 
518 aa  210  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  30.12 
 
 
514 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  30.64 
 
 
519 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  28.66 
 
 
518 aa  208  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  28.46 
 
 
518 aa  207  5e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  32.59 
 
 
518 aa  207  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  32.59 
 
 
518 aa  207  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  28.46 
 
 
518 aa  207  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  28.46 
 
 
518 aa  207  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  28.46 
 
 
518 aa  207  5e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  32.59 
 
 
518 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  32.59 
 
 
518 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  28.46 
 
 
518 aa  206  9e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  28.24 
 
 
526 aa  206  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  28.24 
 
 
526 aa  206  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  39.77 
 
 
528 aa  205  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  28.26 
 
 
518 aa  204  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  28.26 
 
 
518 aa  204  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  32.37 
 
 
518 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  30.82 
 
 
497 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  42.91 
 
 
516 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  42.4 
 
 
516 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  42.4 
 
 
516 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.92 
 
 
504 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  42.4 
 
 
516 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  41.84 
 
 
1006 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  42.4 
 
 
516 aa  191  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.75 
 
 
1490 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.75 
 
 
1497 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 
534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  29.92 
 
 
534 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.75 
 
 
1497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.83 
 
 
715 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  29.92 
 
 
534 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.34 
 
 
1497 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.34 
 
 
1487 aa  183  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  38.93 
 
 
1491 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  29.91 
 
 
546 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.02 
 
 
1082 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0378  sensory box protein  37.88 
 
 
1491 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0214422 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
925 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.52 
 
 
1466 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.52 
 
 
1494 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.09 
 
 
1006 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  31.19 
 
 
529 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39 
 
 
1276 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.08 
 
 
730 aa  176  7e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  39 
 
 
1276 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39 
 
 
1276 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.42 
 
 
1282 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  28.9 
 
 
520 aa  176  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  37.87 
 
 
638 aa  176  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0791415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>