More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1983 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  98.15 
 
 
507 aa  984    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  98.35 
 
 
521 aa  983    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  98.56 
 
 
521 aa  986    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  100 
 
 
486 aa  997    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  98.35 
 
 
521 aa  984    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  98.15 
 
 
507 aa  984    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  98.35 
 
 
521 aa  985    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  65.84 
 
 
512 aa  680    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  35.84 
 
 
501 aa  303  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  35.43 
 
 
500 aa  292  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  34.39 
 
 
521 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  33.2 
 
 
528 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  33.62 
 
 
523 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 
511 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  31.83 
 
 
528 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  31.62 
 
 
528 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
520 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  31.29 
 
 
528 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  29.45 
 
 
506 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  31.25 
 
 
528 aa  209  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
362 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  44.76 
 
 
362 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  44.76 
 
 
362 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  44.76 
 
 
362 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  44.76 
 
 
362 aa  207  5e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  45.83 
 
 
362 aa  204  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  45.83 
 
 
362 aa  204  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  45.83 
 
 
362 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.54 
 
 
534 aa  202  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  29.08 
 
 
506 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  27.39 
 
 
535 aa  199  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  27.85 
 
 
516 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  27.85 
 
 
516 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  28.66 
 
 
506 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29.34 
 
 
506 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.85 
 
 
516 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  28.24 
 
 
506 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.64 
 
 
516 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  31.84 
 
 
526 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  29.83 
 
 
515 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.84 
 
 
504 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  30.2 
 
 
518 aa  190  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.56 
 
 
516 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  30.2 
 
 
518 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  30.2 
 
 
518 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  30.2 
 
 
518 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  30.2 
 
 
518 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  31.49 
 
 
518 aa  187  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  31.47 
 
 
532 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  28.05 
 
 
519 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  31.96 
 
 
538 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  181  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  39.29 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  39.29 
 
 
497 aa  179  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.93 
 
 
859 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 
851 aa  178  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2322  GGDEF family protein  38.59 
 
 
849 aa  177  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.96 
 
 
897 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  27.46 
 
 
514 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  36.19 
 
 
865 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.22 
 
 
929 aa  174  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 
842 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.66 
 
 
890 aa  173  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.59 
 
 
836 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.492796  normal  0.0418259 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  28.27 
 
 
526 aa  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  28.27 
 
 
526 aa  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.41 
 
 
706 aa  172  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
593 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
593 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  35.45 
 
 
1086 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  36.78 
 
 
525 aa  172  2e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  27.51 
 
 
490 aa  171  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.15 
 
 
722 aa  168  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 
568 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.42 
 
 
532 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
549 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.74 
 
 
1262 aa  167  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.82 
 
 
720 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.425295  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38 
 
 
947 aa  167  5e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.24 
 
 
762 aa  167  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  37.31 
 
 
944 aa  167  5.9999999999999996e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.52 
 
 
1082 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  38.27 
 
 
689 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  34.84 
 
 
1075 aa  165  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 
596 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000445726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.47 
 
 
516 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.31 
 
 
1023 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  29.45 
 
 
532 aa  164  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  38.33 
 
 
733 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.42 
 
 
1120 aa  164  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4753  sensory box/GGDEF family protein  37.86 
 
 
689 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.410613  hitchhiker  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.88 
 
 
692 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  29.45 
 
 
532 aa  164  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.47 
 
 
518 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>