More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0383 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  98.84 
 
 
516 aa  1047    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  100 
 
 
516 aa  1058    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  98.84 
 
 
516 aa  1047    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  98.26 
 
 
516 aa  1038    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  98.45 
 
 
516 aa  1043    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.23 
 
 
504 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  37.39 
 
 
534 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  36.59 
 
 
535 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  33.77 
 
 
526 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  32.53 
 
 
528 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
506 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  32.83 
 
 
506 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
506 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  32.83 
 
 
506 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  33.26 
 
 
519 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  31.65 
 
 
518 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 
532 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  30.64 
 
 
518 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  31.46 
 
 
518 aa  209  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  32.86 
 
 
538 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  40.53 
 
 
526 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  31.26 
 
 
518 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  40.53 
 
 
526 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  32.22 
 
 
514 aa  207  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  30.87 
 
 
518 aa  206  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  41.7 
 
 
518 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 
518 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  33.11 
 
 
515 aa  204  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  32.02 
 
 
518 aa  204  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  31.8 
 
 
497 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  27.64 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  27.64 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  38.68 
 
 
530 aa  201  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.64 
 
 
521 aa  201  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  27.64 
 
 
521 aa  201  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  27.64 
 
 
521 aa  199  7e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.43 
 
 
521 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  36.77 
 
 
500 aa  196  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  31.17 
 
 
506 aa  196  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  31.32 
 
 
511 aa  196  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.68 
 
 
521 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.03 
 
 
486 aa  193  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  41.6 
 
 
518 aa  192  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  28.91 
 
 
512 aa  192  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 
1262 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  41.47 
 
 
528 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  30.48 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  30.48 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.48 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.4 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  30.48 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.26 
 
 
532 aa  189  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  29.14 
 
 
528 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  31.12 
 
 
523 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.92 
 
 
501 aa  187  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  29.31 
 
 
528 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  40.08 
 
 
528 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  36.7 
 
 
538 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  38.19 
 
 
794 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 
958 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.79 
 
 
533 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.94 
 
 
474 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.57 
 
 
533 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.57 
 
 
533 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  37.25 
 
 
520 aa  183  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  36.55 
 
 
536 aa  183  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.94 
 
 
460 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.92 
 
 
754 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.22 
 
 
862 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 
1117 aa  181  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238259  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.4 
 
 
685 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  40.48 
 
 
374 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2945  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.51 
 
 
778 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  35.08 
 
 
525 aa  180  4e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.46 
 
 
516 aa  180  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.65 
 
 
665 aa  180  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.44 
 
 
533 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.81 
 
 
516 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.12 
 
 
533 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.44 
 
 
533 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.46 
 
 
516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  36.55 
 
 
1534 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.12 
 
 
516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 
1494 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.46 
 
 
516 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.37 
 
 
1497 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
539 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  33.02 
 
 
522 aa  178  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.54 
 
 
780 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.46 
 
 
516 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 
1466 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.48 
 
 
533 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.29 
 
 
608 aa  177  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39 
 
 
1101 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.37 
 
 
1487 aa  177  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>