More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2501 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  92.23 
 
 		 528 aa  986    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  81.44 
 
 		 528 aa  877    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  92.42 
 
 		 528 aa  987    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 528 aa  1082    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  56.39 
 
 		 511 aa  568  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  53.05 
 
 		 523 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  54.09 
 
 		 521 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  52.22 
 
 		 520 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  36.94 
 
 		 506 aa  330  4e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  34.08 
 
 		 500 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  35.07 
 
 		 501 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  31.62 
 
 		 507 aa  257  5e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  31.62 
 
 		 507 aa  257  5e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.62 
 
 		 521 aa  256  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  31.35 
 
 		 512 aa  256  6e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  31.62 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.42 
 
 		 521 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  31.42 
 
 		 521 aa  254  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.83 
 
 		 486 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  34.15 
 
 		 532 aa  233  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.41 
 
 		 533 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.21 
 
 		 533 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.21 
 
 		 533 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.46 
 
 		 474 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  34.53 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.53 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.84 
 
 		 460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  44.02 
 
 		 362 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.97 
 
 		 532 aa  221  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.53 
 
 		 532 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  31.09 
 
 		 528 aa  219  7.999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.63 
 
 		 362 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  43.63 
 
 		 362 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  43.63 
 
 		 362 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  43.63 
 
 		 362 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  31.97 
 
 		 538 aa  216  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  28.97 
 
 		 526 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  28.63 
 
 		 526 aa  206  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  28.63 
 
 		 526 aa  206  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  29.13 
 
 		 535 aa  205  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  29.04 
 
 		 518 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  29.04 
 
 		 518 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  32.98 
 
 		 588 aa  204  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  28.85 
 
 		 518 aa  201  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.48 
 
 		 534 aa  201  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  28.85 
 
 		 518 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  28.85 
 
 		 518 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  28.85 
 
 		 518 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  30.82 
 
 		 506 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.27 
 
 		 518 aa  200  6e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 		 506 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  28.6 
 
 		 497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.69 
 
 		 518 aa  199  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  30.62 
 
 		 506 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  28.79 
 
 		 514 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 		 506 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  31 
 
 		 518 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  31.02 
 
 		 518 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  31.03 
 
 		 518 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  31.03 
 
 		 518 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  40.47 
 
 		 516 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  31.4 
 
 		 518 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  28.27 
 
 		 518 aa  193  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  40.13 
 
 		 516 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  40.13 
 
 		 516 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  28.72 
 
 		 515 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.8 
 
 		 516 aa  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  39.8 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  31.53 
 
 		 519 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  31.16 
 
 		 534 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  31.16 
 
 		 534 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 		 534 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  40.16 
 
 		 1346 aa  182  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  38.13 
 
 		 530 aa  180  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.39 
 
 		 1282 aa  176  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.98 
 
 		 1276 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40.5 
 
 		 1278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.92 
 
 		 952 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 		 1006 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 		 991 aa  173  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.55 
 
 		 755 aa  173  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  40.98 
 
 		 1415 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.2 
 
 		 504 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  38.55 
 
 		 689 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  40.98 
 
 		 1410 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  40.57 
 
 		 1276 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.81 
 
 		 730 aa  172  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 		 1276 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.57 
 
 		 1276 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1976  PAS:GGDEF  38.46 
 
 		 963 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 		 777 aa  171  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  39.53 
 
 		 1491 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.14 
 
 		 1082 aa  170  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  28.9 
 
 		 523 aa  170  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 		 929 aa  170  6e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>