277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0486 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0416  EAL domain-containing protein  84.99 
 
 
509 aa  714    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0486  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
493 aa  933    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.333757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0449  diguanylate phosphodiesterase  84.79 
 
 
492 aa  714    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.271048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4087  diguanylate phosphodiesterase  50.11 
 
 
509 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0291163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1780  diguanylate phosphodiesterase  48.33 
 
 
494 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459436  decreased coverage  0.0080021 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0710  diguanylate phosphodiesterase  51.18 
 
 
482 aa  287  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1287  putative cylclic diguanylate phosphodiesterase  34.31 
 
 
490 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.437455  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2538  diguanylate phophodiesterase  29.79 
 
 
479 aa  142  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1720  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 
531 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.908269  normal  0.310447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1183  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 
490 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0893213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0268  diguanylate phosphodiesterase  38.33 
 
 
430 aa  132  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0895  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1371  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 
521 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.377375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3158  diguanylate phosphodiesterase  30.87 
 
 
483 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4042  diguanylate phosphodiesterase  29.39 
 
 
419 aa  124  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0607  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.44 
 
 
840 aa  72  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  26.32 
 
 
814 aa  66.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.08 
 
 
883 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1313  hypothetical protein  27.2 
 
 
818 aa  65.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.28 
 
 
665 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.13 
 
 
736 aa  62.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.779609  normal  0.0932297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.6 
 
 
648 aa  61.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.4 
 
 
816 aa  60.8  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 
291 aa  60.5  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.37 
 
 
611 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  27.71 
 
 
413 aa  58.9  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  23.6 
 
 
976 aa  58.5  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2526  EAL domain protein  23.05 
 
 
526 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.66 
 
 
569 aa  58.5  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.61 
 
 
1101 aa  58.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
648 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.07 
 
 
818 aa  57.8  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.09 
 
 
650 aa  57.4  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2762  putative diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
678 aa  57.4  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.317441  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4383  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  21.79 
 
 
733 aa  57.4  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  27.39 
 
 
648 aa  57  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0332  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  27.57 
 
 
670 aa  57  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.94 
 
 
442 aa  57  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
648 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0893  diguanylate cyclase  25.43 
 
 
566 aa  56.2  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.8 
 
 
648 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 
407 aa  56.6  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.39 
 
 
648 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
731 aa  55.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.166463 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  25.88 
 
 
842 aa  55.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  27.06 
 
 
397 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.64 
 
 
842 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.21 
 
 
868 aa  55.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
642 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3810  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 
763 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.56 
 
 
735 aa  54.7  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.63762  hitchhiker  0.0000000000000445452 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
663 aa  54.7  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.73 
 
 
758 aa  54.3  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  25 
 
 
392 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001429  GGDEF family protein  22.05 
 
 
606 aa  53.9  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000304486  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.36 
 
 
786 aa  53.9  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.9 
 
 
796 aa  53.9  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
853 aa  53.9  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.57 
 
 
1032 aa  53.5  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
656 aa  53.5  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0588744  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  28.39 
 
 
427 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.6 
 
 
781 aa  53.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  28.39 
 
 
403 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
806 aa  52.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0948188  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  27.16 
 
 
442 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  26.52 
 
 
799 aa  52.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
705 aa  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  27.51 
 
 
356 aa  52.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.62 
 
 
637 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.944283  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.22 
 
 
650 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.91 
 
 
790 aa  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0159193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.67 
 
 
535 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  25 
 
 
392 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  26.71 
 
 
601 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  21.19 
 
 
817 aa  52.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03553  putative orphan protein; putative EAL domain  24.37 
 
 
243 aa  52.4  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2566  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.21 
 
 
664 aa  52.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206192  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000356  hypothetical protein  22.59 
 
 
882 aa  51.6  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.743126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  27.65 
 
 
582 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.76 
 
 
673 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.05 
 
 
905 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  24.54 
 
 
529 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  22.22 
 
 
777 aa  51.2  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3930  diguanylate phosphodiesterase  25.2 
 
 
241 aa  51.2  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.62 
 
 
801 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 
762 aa  50.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
1289 aa  50.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  25.11 
 
 
818 aa  50.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.75 
 
 
438 aa  51.2  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00213873  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2010  diguanylate phosphodiesterase  27.84 
 
 
454 aa  50.8  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.85 
 
 
807 aa  50.4  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 
679 aa  50.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.89 
 
 
563 aa  50.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226909  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.46 
 
 
754 aa  50.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.89 
 
 
699 aa  50.4  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0919  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 
707 aa  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.788628 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0467  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.65 
 
 
1263 aa  50.1  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  28.39 
 
 
474 aa  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  20.42 
 
 
403 aa  50.1  0.00009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>